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反转录转座子作为哺乳动物基因组主要组成部分,占哺乳动物基因组的30-45%,分为三大类:长散在的核元素(LINEs),短散在的核元素(SINEs)和长末端重复序列(LTR)。LIINE中的L1是哺乳动物基因组中含量最丰富的反转录转座子,占猪基因组的17.22%,小鼠的18.78%,人类的16.89%。由于它们的普遍分布,高拷贝数和大量插入多态性,L1被认为适合在哺乳动物中开发新的分子标记。同时研究表明反转录转座子是LncRNA序列的重要贡献者。超过三分之二的成熟LncRNA序列(分别为75%和68%的人和小鼠)在其序列中含有反转录转座子片段的插入。因此,本文尝试筛选鉴定猪LncRNA基因中L1的插入多态位点,并将插入多态与猪的生长性能进行关联分析,以开发新型有价值的转座子插入多态分子标记,同时探究了转座子插入对lncRNA调控靶基因的影响。结果如下:1.通过RepeatMasker获取了1553个猪LncRNA基因内的L1插入位点,并从丛因组中获取插入位点及两侧各800bp的序列,然后将每条序列在NCBI中与WGS库中的基因组测序数据进行在线Blast比对,并根据结果预测每个插入位点的多态性,筛选出266个L1疑似插入多态位点,然后设计PCR检测引物,并在杜洛克、长白猪、大白猪、二花脸、梅山猪、巴马香猪、藏猪、野猪8个品种进行验证。最后,我们获得了 114个插入多态位点。其中L1A多态位点28个,L1B多态位点6个,L1C多态位点14个,L1D多态位点66个。L1D的Blast判定多态位点数占LncRNA基因中L1D总位点数的39.52%,PCR验证有多态的占比对判定多态位点的81.44%,是L1中多态频率最高的一个家族。2.基于获得的114个L1插入多态位点,通过Blast鉴定L1与LncRNA之间的融合转录本,获得L1和LncRNA之间的融合转录本总共为40个,对应28个LncRNA基因。对这些融合转录本进行注释后发现,22(55%)个LncRNA完全由L1反转录转座子序列构成。3.通过RT-qPCR检测L1-LNC-276-F10位点对应lncRNA的靶基因ERA和ERAP2在7头具有不同插入情况的杜长大三元杂交猪的主要器官中的表达情况。结果表明,在脾脏组织中,ERAP1,ERAP2基因的表达量在纯合无插入(L1-/-)的个体中高于杂合(L1+/-)和纯合有插入(L1+/+)的个体。4.选择多态性位点L1-LNC-49和L1-LNC-253-F1,在大白猪群体(462头)进行插入多态性检测,并与其生产性能和繁殖性状进行关联性分析。结果显示,L1-LNC-49转座子无插入个体(L1-/-)的校正背膘厚显著大于有插入个体(L1-/+和L1+/+);L1-LNC-253-F1无插入个体(L1-/-)的同窝活仔数显著大于有插入的个体(L1-/+和L1+/+)。