近年来,我国高等学校发挥其在智力资源上的优势,成为了我国开展科学研究的一支重要力量。随着高等学校教育事业的蓬勃发展,高校承担的科研课题和投入的科研经费均呈现大幅增长趋势。高等学校参与国家科学研究可以促使学校的学科建设和提高学校的教学质量,也可以加强高校和社会的联系,同时科研经费己成为学校重要的资金来源之一。2005年以来,为了响应国务院的《规划纲要》中关于建立和完善科技经费管理制度,提高财政资金使用的规范性、安全性和有效性,我国财政部、科技部、教育部等相关部门联合制定863计划、973计划、支撑计划、国际科技合作与交流、重大专项、公益性行业科研、现代农业产业技术体系建设等不同类型课题的专项经费相关管理办法,要求各课题承担单位、课题组及课题组成员均遵照执行,我国专项经费的管理办法形成了基本体系。但部分高校存在重视科研课题的立项和科研任务的完成,对科研经费管理重视程度不够,未能深入领会和贯彻我国科研经费管理制度,或学校内部对科研经费的管理制度不够健全,或对已有的管理制度执行不严格,致使学校的科研经费管理粗放、挤占、挪用,使用效率低下甚至导致科研经费流失等现象的存在,影响了日常的科研工作和科研管理工作。在科研课题结题审计时,从课题的支出就可以看出对科研经费认识理解存在偏差、课题承担单位内部控制制度的设计和执行存在一定的缺陷等问题。因此,在科研任务开始至将科技成果转化进而产业化的过程中,如何规范有效地使用管理科研经费,客观准确地评价科研经费的使用效益,严格执行科研经费责任追究制度,提高科研经费使用效率,确保科研工作健康发展,就是本文研究的重要内容,具有十分重要的理论意义与实践指导作用。基于此,笔者试图对四川省高校科研经费使用管理、结题财务验收审计、高校科研经费使用绩效评估及责任追究等过程中出现的问题进行分析,在此基础上对高校科研经费的管理做探索性思考。论文首先介绍研究的问题、背景、思路、方法及国内外研究现状；对与科研经费管理研究相关的财政支出理论、系统理论、战略管理理论加以回顾；按照科研经费来源的不同,介绍专项科研经费的来源与其管理规定和横向科研经费的来源与其管理规定；其次介绍了高校科研经费管理使用中存在的问题,包括课题组及管理部门对高校科研经费的认识存在偏差、课题承担单位对科研经费内部控制的设计或执行存在缺陷、会计师事务所对课题结题审计太过随意、缺乏对高校科研经费使用绩效的有效评估和缺乏高校科研经费使用的责任追究等；最后基于我国目前存在的高校科研经费相关管理办法和高校科研经费管理使用中存在的问题,提出了提高课题组及管理部门对高校科研经费的认识、严格执行科研经费使用内部控制制度、强化高校科研经费审计监督、建立高校科研经费使用效益后评估制度和责任追究制度等强化高校科研经费管理的对策。