基于转录组测序鉴定与胃腺癌相关的关键通路和基因

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研究背景胃癌(Gastric cancer)起源于胃黏膜上皮,是世界范围内最常见的恶性肿瘤之一,其死亡率居于恶性肿瘤的第二位,发病率居于第四位。胃癌包括多种组织学类型,其中胃腺癌是最常见的组织学类型。在胃癌高发的国家中我国排在前列,每年新发的胃癌病例数量约40万例,死亡病例数量约35万例,新发病例和死亡病例数量均占全世界胃癌总病例数量的40%左右。早期胃癌的症状较少,因此经常被诊断为晚期,难以治愈。进展期胃癌通常进行以外科手术为主的综合治疗,即便如此,5年生存率仍然低于30%。究其原因,缺少胃癌早期诊断和检测的特异性标志物是主要原因。转录组学这门学科是近年来兴起的从整体水平上研究某一时刻某一细胞中基因的全部转录本种类、结构和功能以及转录调控规律的学科,它能快速并且全面地获取物种在某一状态下特定细胞或组织的表达情况。对胃癌进行转录组学分析可能为其特异标志物的筛选以及早期诊断提供新的方向。目的通过转录组分析来发现与胃腺癌相关的重要的分子标记物,miRNAs和相关通路。研究方法选取5对胃腺癌组织和正常组织样本进行测序,随后对测序获得的原始数据进行预处理,筛选出癌组织与正常组织间的差异表达基因。并对差异表达基因进行功能富集分析、聚类分析以 miRNA-target网络分析。然后,根据患者的生存信息,在肿瘤基因组图谱数据库中分析差异表达基因对患者预后的影响。最后,通过qPCR实验对几个关键基因的表达水平进行验证。研究结果:与正常组织相比,我们从癌组织中筛选出1477个上调和282个下调的差异表达基因,这些差异表达基因聚类到4个cluster。Cluster 1中的基因显著富集在细胞色素P450的异生物质代谢通路,cluster 2中的基因显著富集在凋亡,紧密连接形成和血小板活化通路,cluster 3中的基因主要富集在p53信号通路,cluster 4中的基因显著富集在胰岛素抗性通路。我们发现共有15个差异表达基因,包括F2R,CTHRC1,和RASGRP3,显著影响患者的预后。CYP2B6,MAPK13,CTHRC,RSGRP3和PYGM的表达水平与分析结果一致。另外,在cluster2中,miR-506的靶基因最多(28个靶基因),在cluster3中,miR-26A和miR-26B的靶基因最多(15个靶基因)。结论:细胞色素P450的异生物质代谢通路,凋亡通路,紧密连接形成通路,血小板活化通路和抗胰岛素性通路以及包括CYP2B6,MAPK13,和PYGM等显著富集的基因可能在胃腺癌的发生发展中发挥重要作用。而且,CTHRC1和RASGRP3可能是胃腺癌患者预后的重要指标。另外,miR-506、miR-26A和miR-26B可能在胃腺癌的发生和发展中发挥关键作用。
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