枇杷[Eriobotryajaponica(Thunb.)Lindl.]为蔷薇科(Rosaceae)苹果亚科(Maloideae)的一个属，原产于我国，在长江以南多省分布广泛。本研究利用SSR标记技术，对国家种质资源圃中的33份枇杷资源进行多态性分析，从近缘属的51对引物筛选出7对多态性好的引物(Hi01d05F、Hil2f04F、CH02B10F、Hi03a03、Hi03e04、Hi04a05、Hi02c07)构建33份枇杷种质资源的指纹图谱，这7对引物的应用可100％区别33份种质资源。　　 利用从近缘属80对SSR引物中筛选出来的25对多态性丰富的SSR引物对‘冰糖’和‘冠玉’的70个杂交单株进行遗传连锁分析，共得到55个可用标记，与Gisbert的连锁图谱分析比较发现，9对相同引物可扩增出19个位点，其中15个位点具有差异，差异位点卡方检验后发现存在4个连锁位点，分别是位于第九条染色体上的Hi04a05-1000和Hi04a05-660，以及位于第三条染色体上的Hi15h12-700和Hi15h12-200。这种SSR标记构建的枇杷种质资源指纹图谱以及进行遗传连锁分析对于品种分类、鉴定以及遗传关系分析具有重要的应用价值。