随着全球科技竞争的不断加剧,企业间的创新、竞争方式发生了极大的变化,企业发展不再单纯的依靠企业的内部资源,而是不断利用企业外部资源寻求更大发展的空间。但由于企业逐利的本能以及各个创新主体在竞争中所处地位、从事合作创新的目的并非完全一致,从而导致合作主体之间既存在共同的利益认知,但又难免由于机会主义行为和道德风险的发生存在非完全共同利益。在这些情况下,企业为了追求自身利益最大化而放弃合作利益,导致其他创新主体利益受损并使合作创新的整体效用下降,合作创新组织因此失去稳定性,从而损害合作创新的基础,使合作创新中断,甚至失败。本文首先探讨了非完全共同利益的合作创新运行过程和存在问题,重点分析了合作创新的模式、合作创新的伙伴选择过程、合作创新的收益分配以及非完全共同利益合作创新存在的问题;其次通过对Microsoft和Intel合作创新案例进行剖析,分析了存在非完全共同利益的创新联盟如何实现合作创新,并总结了该案例对非完全共同利益合作创新的启示;最后尝试性的构建了非完全共同利益下合作创新机制,主要从伙伴选择、信任机制构建、奖惩制度设计以及利益补偿和分享等几个方面来构建非完全共同利益合作创新机制,以期从制度层面来约束和激励合作创新主体,保持合作创新组织稳定性,让合作创新的共同利益最大化,使创新联盟和各合作创新主体均达到帕累托最优,从理论上丰富和完善合作创新的内容,从实践上指导创新主体如何进行合作创新。