克林顿政府时期的美巴关系是在美国全球战略面临重大转变的背景下做出的调整。克林顿入主白宫正值冷战结束,长期以来的东西方对峙局面的突然消失,这对美国来讲,既是一个主动调整战略的转折,也是以美国思维来重新认识地区格局的起点。克林顿政府时期的美巴关系正式在这样一种节点上做出的重大调整。后冷战时代,美国在南亚战略上遵循着三个定位:第一、核不扩散;第二、地区稳定;第三、经济利益。因此,美巴关系也基于这三点的基础上做出了调整。但这种定位是基于印巴两国在核竞赛上的不可控性而日益凸显。而长期以来的印巴冲突也并未冷战的结束而有所缓和,尤其是美国对南亚的控制力并未达到一种理想的状态,这也使得通过美巴关系削弱中巴关系的愿望破灭。在老布什政府执政时期,美国利用《普莱斯勒修正案》正式对巴基斯坦实施制裁。克林顿上台执政后感觉有必要对美巴关系做出重新调整,如果实现南亚地区无核化,就必须改善与巴基斯坦的关系。因此在20世纪中期,美巴关系通过两国高层间的互访重新得到了加强。美国也想通过改善与巴基斯坦的关系,保持南亚地区的和平与稳定。美巴两国关系似乎在克林顿政府时期表面上又得到了加强,但是随着1998年印巴的核试验、1999年的印巴卡吉尔冲突,美国与巴基斯坦的关系趋于恶化,这也证实了美巴关系在缓和的假象下,两国在印巴关系、核不扩散问题上,美巴关系存在深层次的矛盾。这一时期的巴关系因为美巴两国战略定位的不同,导致两国关系经历了初期的低谷、中期的缓和、后期再次陷入低谷的阶段。美国的南亚战略,尤其是美国对巴政府服务于美国的全球战略;而巴基斯坦的对外政策的重点之中就是维护国家安全,对抗来自印度的威胁。美国在克林顿政府执政后期开始把美巴、美印两国关系分开处理,美国发展与印度的关系,是看重了印度的经济潜力;美国发展与巴基斯坦的关系,更看重巴基斯坦在核不扩散问题上的态度。美印关系的升温必然导致巴基斯坦方面的不满,因为两国战略目的的不同,最终导致了两国关系出现了偏差。