传统的科学哲学植根于物理学、逻辑学及数学,并把物理学作为科学范式。科学哲学对物理学的关注使得它无法为生物学这样丰富而复杂的学科新近取得的诸多进展提供合理的发展模式和概念。在过去的几十年的时间里,生物学一直是一个极其活跃的科学研究领域,并且不断发展成为一个较为成熟的学科。它就生物学现象提出了若干复杂的问题,并且对之给出了复杂的、富有成果的答案。生物进化论经历了达尔文主义、新达尔文主义到综合进化论的不断发展,展示出了丰富且复杂的科学发展模式和方法论意蕴。自20世纪80年代以来,生物学哲学逐渐确立了在科学哲学中的显学地位。进化问题一直处于生物学研究的中心,而在诸多解释进化现象的假说中,综合进化论占据进化生物学的支配地位。同时,随着当前一些新兴学科领域的发展,围绕综合进化论的修正与拓展再次掀起激烈论战和研究热潮。因此,从科学哲学视域研究综合进化论,借助科学哲学的基本原理作为理论工具,将综合进化论置于实际的科学史中加以认识,对综合进化论的历史渊源、形成动因展开系统论述,不仅对生物学哲学研究的推进具有重要学术意义,而且对拓展和丰富科学哲学的论域也具有积极的借鉴价值。论文将综合进化论放置于“研究传统”这一科学哲学的概念框架中,一方面,尝试使科学哲学为生物学的发展提供一种可能的合理解释与发展图景；另一方面,从生物学的理论竞争、方法融合的多元协调中梳理出可供科学哲学分析和拓展的研究资源,可以说是科学哲学理论分析在生物学领域的一个积极拓展。同时,论文运用综合进化论演化的史料资源展现劳丹“研究传统”这一概念的解释力,在史料支撑与辩护上,也是一个积极的推进。论文以综合进化论自身的形成进化史作为安排文章逻辑结构的依据。多元竞争的进化论构成综合进化论形成的知识背景。其中,达尔文主义与孟德尔学派之间爆发的全面冲突最为剧烈,涉及本体论、认识论、方法论和具体构成理论等诸多层面。这个对立双方从冲突走向协调的过程有其科学史的特殊性。它们共同创建了许多新的进化概念,清扫了大量旧的误解概念,达成一种共同的语言框架,为综合进化论的形成创造了可能性。杜布赞斯基、迈尔等多位创建者共同完成了将这种可能性转变成现实性的工作。这些奠基人因为彼此观点的相同或相近而汇聚在一起,形成一个新的科学共同体。普林斯顿会议有幸成为这一历史事件的有力见证者。综合进化论的形成过程具有复杂性,它体现了一种双重性质的综合,一方面呈现孟德尔遗传学和达尔文的自然选择假说走到一起；另一方面显示孟德尔遗传学和古生物学走到一起。在这个过程中没有一种范式超越另一种范式的胜利,而是此前竞争的研究传统相互交换彼此最有活力的组件。综合进化论不是一个单一理论,而是一个类似于研究传统的更一般理论。综合进化论的发展过程中并没有发生库恩主义意义上的科学革命。综合进化论是一个包括若干核心要素、一些外围的辅助假说和前提条件的动态开放的研究传统。它的基本原理包括：符合遗传机制的自然选择学说的新解释、基于遗传变异实质的统一解释的渐进进化学说、专有硬遗传学说、基于种群思想的生物学物种概念。这四个原理构成综合进化论研究传统的核心要素,但每一个核心要素实际上本身又形成一个包括若干具体理论的次级研究传统,这些次一级的具体理论构成综合进化论核心原则的外围辅助假说和前提条件。而在这些基本原理的背后,还隐藏着纯思辨的本体论和方法论的预设,即综合思想、多元论、硬遗传观念和种群思想。对于在一个给定的时间内,研究传统中的哪些成分应该被看作是不可反驳的问题,劳丹的相对化处置方式的合理性在于他看到了不可反驳的核心的历史变化性和前后连续性,但他忽视了已发生进化的前后相继研究传统之间质的差异性,他的选择核心的视野应该进一步拓展到不同研究传统之间的比较中。综合进化论科学共同体在不同的历史阶段探索运用了许多行之有效的调整保护带的方法,如利用科学共同体成员的异质性、对原来的理论稍作修改、引进辅助假说、调整研究实体的边界条件、将新兴学科的新发现纳入其研究传统框架、区分多种同时起作用的原因、运用多元主义方法等。与一般研究传统的功能一样,综合进化论对其构成理论也具有问题定向作用、限制作用、助发现作用和辩护作用。诚如劳丹所言,每一门思想性学科,都有着一个充满着研究传统的历史。这些研究传统不仅确实存在,而且还有着自己的结构。综合进化论也是这样一种具有自己进化历史的研究传统。它作为一个历史性实体,也有其产生、运动和发展的过程,并在长期进化过程中积淀出该研究传统的相互关联的构造。如果按照时空维度的不同,综合进化论可以被划分为纵向的进化结构和横向的问题逻辑结构。当前,许多生物学家结合所获取的新信息、新数据和新概念试图修正或拓展综合进化论的传统框架。这反映了综合进化论进化的两条主要路径,即通过修正保护带化解反常问题的辩护之路和建构拓展的替代理论的挑战之路,并且这种双重进化的趋势仍将继续下去。论文运用综合进化论的历史演变路径,呈现了该研究传统在组织结构上所凸显出的纵向进化结构与横向问题逻辑结构,并在此基础上尝试修正和拓展劳丹研究传统和库恩科学发展模式的理论框架,展现了生物学领域研究对科学哲学理论建模的价值与意义。综合进化论研究传统具有丰富的方法论意蕴,如概念方法、种群思想、整体论和多元论,在方法论上拓展了传统科学哲学的研究视野。生物学哲学的特色是侧重概念和概念的澄清,与物理学哲学专注于定律不同,它通过新概念的开发,以及对这些概念定义的反复提炼和完善推动学科的进展。所有的跳跃进化理论都建立在本质论的基础上,而种群思想则倾向于接受渐变论。种群思想是生物学中最重要的概念之一,它成为现代进化理论的基础,也是生物学哲学的基本构成之一。在生物学哲学中,整体论与还原论之间进行了长期的对立和论战。整体论者认为,在把一切其它科学(包括生物学)的学说和概念还原成物理科学的学说和概念时,生物系统将完全丧失它们特殊的生物学性质。综合进化论在统一和多元论之间一直保持着张力。随着生物不同层次特性的发现与分子进化的崛起,生物学的统一理想受到限制。至少有两个主要原因导致综合进化论由追求统一转向多元论的解释：一是由研究对象的多样性特性所决定；二是由于中性学说对泛选择论的挑战所引起。当前,进化生物学家不是寻求一个新的统一的进化论,而是似乎愿意接受多元的因果过程和类型的解释。米切尔和迪特里希捍卫的综合多元主义具有一定合理性,然而除此之外,还有其它种类的多元论,如协调多元论,也就是说,多元论本身也是可以多元的。