研究公立医院成本补偿，有助于使补偿过程中的各主体，特别是政府、患者和医院对公立医院成本补偿形成正确的认识，在维持公立医院公益性原则的前提下，要使其正常提供高质量服务，就必须加快对公立医院的成本补偿机制的完善，才能更快更好的满足日益增长的老百姓医疗需求，才能从本质上瓦解患者嗤之以鼻的“看病难，看病贵”问题。新疆县级公立医院如何在自有特点的基础上，重点把握公益性原则的同时，又能有效的进行补偿机制的建立，是当前新疆医药卫生体制改革的关键。本文首先提出研究问题，解读当前背景、现实和理论意义，并对相关概念进行界定；然后在纵览相关国内外前辈学者的文献后，对他们的文章精髓进行了简单地整理，构成了本文的文献综述；继而翻阅《新疆卫生统计年鉴》以及走访相关部门，了解2009年-2011年新疆县级公立医院的补偿渠道与资金来源情况；在明确公立医院成本补偿机理的基础上，公立医院的成本补偿机制的建立，一方面是价值补偿，即增加收入（合理补偿），另一方面是生产耗费，即控制成本。并且运用问卷调查方法对新疆县级公立医院的院级领导、医生和护士为样本发放问卷，了解县级公立医院增加收入（合理补偿：患者满意导向、特色服务和资源内部整合）、减少成本（成本控制）和医院自身成本补偿实际的执行情况，最终对问卷进行描述性统计，总结研究结果，提出优化新疆县级公立医院成本补偿的建议，并指出本文的局限。