“军民融合深度发展战略”是我国政府从我国国情出发,制订得事关我国全局发展的国家战略,军民融合战略有利于统筹我国经济建设与国防建设齐头并进。虽然军用产业和民用产业传统看来在生产经营上具有很明确的界限,但事实上,二者在高科技领域的基础研究与技术开发存在共性和相似点。长期以来,军用产业和民用产业在技术开发上各自为阵,孤立研究,导致技术重复开发,造成人力、物力、财力的重复投入,不仅使得资源浪费,还会造成军民产品的成本上升、价格上升,进而造成规模不经济。利用军民两个口子企业的技术共通性进行军民融合发展是有效利用资源、降低生产成本和风险、加速技术创新的必然选择。各级政府在军民融合创新系统中扮演者主导者和推动者的角色,通过制定政策等措施推进、引导各省市的军民融合深度发展。南京市作为江苏省省会,在历史条件和经济发展上都有军民融合发展的有利条件,在国家大背景下,更是积极地抓住机会,把发展区域军民融合创新系统作为城市发展的重点之一。在以往军民结合的基础上,现在的发展更强调深度融合,如何实现深度融合则要重视目前的形势,用变化的眼光看问题,强调用不同以往的发展方式、抓住根本进行变革。本文基于OECD国家创新体系理论,对南京市军民融合创新系统的政策体系进行分析,发现现存问题,提出优化建议,旨在通过构建一个完善的政策体系来促进南京地区军民融合创新系统的效率提升。从目前南京市军民融合创新系统存在的问题入手,分析我省市军民融合发展政策体系上的不足与发展障碍。通过调查研究得出,南京地区军民融合创新系统的主要问题在于政策体系构成不完善、创新系统内知识流通不畅和军民融合创新系统合力不足。通过理论和经验分析,本文认为完善顶层设计的规划,构建一个各主体畅通运作、制度完善的综合运行体系,构建一个完善的政策体系,是保障军民融合“深度”发展的根本所在。