海湾扇贝(Argopecten irradians)是典型的雌雄同体型贝类,行体外受精,能自体受精也能异体受精,因此可产生三种不同的交配后代：杂交(Outcross)后代、近交(Inbreeding)后代和自交(Selfing)后代。本研究利用10对多态性微卫星标记对海湾扇贝4个不同近交梯度(自交一代、自交二代、近交和杂交家系)共8个家系基因型进行了遗传分离分析。从偏分离标记的个数来看,杂家家系最多,其次是自交一代和自交二代,最后是近交家系。结果表明只有自交家系后代基因型存在纯合子缺失,发现了3个可能与有害基因连锁的微卫星标记,同时与生长性状连锁的微卫星标记在自交家系中的基因纯和率偏低,为近交衰退的遗传机理提供了参考。通过对亲本来源相同的自交扇贝和杂交扇贝闭壳肌表达谱的差异基因分析,得出杂交家系相对自交家系有1175个基因表达量上调,1390个基因表达量下调。从成分富集分析来看,两者的差别主要集中在肌原纤维、收缩纤维、细胞周边、细胞质膜和细胞连接,其中细胞质膜和细胞骨架相差的基因较多。从功能富集分析可以看出两者的功能差别主要集中在转移酶,激酶,蛋白激酶,磷酸酶,活性肽,信号转导等方面。差异比较明显的基因主要包括和闭壳肌的成分相关的有：β-微管蛋白、胶原蛋白和肌球蛋白轻链激酶、细胞质肌动蛋白；和免疫防御解毒相关的有thioester-containing protein、cathepsin L-like cysteine proteinase、半胱氨酸蛋白酶、组织蛋白酶L和谷胱甘肽转硫酶；和氧化磷酸化相关的有Rieske铁硫蛋白、泛醌细胞色素还原酶和ATP合酶；和蛋白合成相关的有：eIF3e、转运蛋白、核糖体蛋白、hsp 90、钙结合蛋白、溶酶体保护蛋白、UDP-N-乙酰基葡萄糖转移酶好、泛素蛋白连接酶变体2和泛素C变体3；和酯类代谢相关的有鞘脂激活蛋白原和鞘脂激活蛋白A；和糖类代谢相关的有糖原磷酸化酶；和核酸代谢相关的有双功能团嘌呤合成蛋白。差异明显的通路主要集中在氧化磷酸化通路和细胞凋亡通路,和应对外界刺激。其中氧化磷酸化通路的基因在自交家系下调,这些基因包括：NADH氧化还原酶,铁硫蛋白,辅酶Q,细胞色素氧化还原酶,ATP合成酶；细胞凋亡通路相关基因在自交家系中表达量上调,这些基因包括：IKK蛋白,补体C3,IAP, Caspase 9, Caspase募集蛋白,NF-Kappa B, HSP70, HSP90, TNFR, TRAF, P53;和应对外界压力相关的基因上调,这些基因包括：转移相关蛋白(metastasis-associated protein),半胱氨酸蛋白酶抑制剂(cystatin A),组织蛋白酶L(cathepsin L), Ras家族GTP结合蛋白(Ras family GTP-binding protein),谷胱甘肽转硫酶(non-selenium glutathione preoxidase),d-LDH,eIF-2B等。以上结果说明：相对于杂交家系来说,自交家系代谢能力更弱,对外界的环境压力更为敏感,通过上调细胞凋亡和热刺激相关的基因来适应环境的变化。