农民专业合作社作为一个组织和经营实体,运行机制很多,但最重要的机制是组织机制(资金投入、利益联结)、决策管理机制和利益分配机制。本课题主要展开对上述重要机制的研究。本文分析了国内外农民专业合作社发展的现状和本项研究的背景及意义,阐述了当前农民专业合作社的发展情况和存在的问题、分析了农民专业合作社治理结构的一些重要理论。在此基础上,本课题通过文献查阅、资料查阅、问卷调查、个例分析等研究方法,利用调查资料,以南汇111家农民专业合作社为例,对国内合作社的运行机制进行了综合研究。研究发现,在运行机制上国内现有的农民合作社普遍存在下述现象:在组织上,成员从开始就呈现高度的异质性,在成员异质性条件下,农民专业合作社是一种基于组织能力的产权安排,产权结构普遍采用股份化方式;在决策机制方面,多数合作社由少数核心人员占有多数股份,控制权主要由少数拥有较多股份的核心成员掌握;在利益分配机制上,在提取公积金、公益金和风险金之后,可分配盈余主要采取按股份比例和交易额(量)在社员之间进行分配,其中股份的作用相对突出。许多农民合作社的运行与即将实施的《农民专业合作社法》中下述相关条款有不同程度的违背:企业、事业单位和社会团体成员不得超过成员总数的百分之五;附加表决权总票数不得超过合作社成员基本表决权总票数的百分之二十;可分配盈余按成员与合作社的交易量(额)比例返还,返还总额不得低于可分配盈余的百分之六十;等等。本文又以一个基于能力和关系的分析视角来研究农民合作社的治理结构,研究认为产生这些违背现象的根源是:农产品生产经营者的利益和能力异质性,直接决定了我国农民专业合作社的产权安排和治理结构的多样性和复杂性;农民专业合作社治理结构必然是关键性生产要素所有者(大户、农业企业或一些相关组织)主导的,少数核心成员事实上充当了农民专业合作社的企业家角色,他们通过把剩余索取权和剩余控制权(在现阶段国内合作社中表现为附加表决权)对应使得风险承担者和风险制造者相统一;合作社由核心社员控制成为合作社法出台前一种很自然的专家治理的形式;一般农民社员仅是在惠顾者(甚至只是使用者)意义上的社员,只拥有基本的社员资格或“资格股”,放弃或让渡了对组织决策权和剩余控制权的要求;合作社发展不仅取决于各类成员的能力耦合,还在相当程度上服从基于关系的非正式制度,核心社员控制与社员关系约束构建了前期(《农民专业合作社法》出台前)我国农民专业合作社的合作治理的基本样式。本文认为,许多合作社的现有运行机制与《农民专业合作社法》冲突的地方已非常明显,同时合作社的股份化倾向,使其治理结构的缺陷正在显现,将极大地影响本就稀缺的集体主义文化基因。因此,政府有必要对合作社的内部组织建设进行必要的引导治理和规制改造,使之在符合合作社法中有关成员、分配等条款的各项规定前提下,健康发展。