工农业发展给水环境带来的污染已经使大量水生生物的栖息环境遭到严重破坏,尤其是容易受人们忽视的微小但分布广泛的浮游动物,浮游动物由于对环境变化敏感,近年来经常被用来做水环境污染指示生物类群。高原深水湖泊是高原地区重要的淡水生态系统,其生物多样性研究对于诊断、识别高原地区淡水生态安全关键影响因子具有重要意义。但是,目前针对高原地区深水湖泊的系统研究还鲜有报道。由此,本研究以高原湖泊（程海湖）为研究区域,按网格式布点在程海湖布设15个采样点,并按照水深分表、中、底进行样品采集及分析,借助高通量技术采用宏条形码的方法对浮游动物群落组成进行解析,结合水质环境因子,重点阐明浮游动物群落在不同水生条件下分布格局及在不同水深条件下的分布格局,同时阐明浮游动物群落空间分布格局形成的关键驱动因子。本研究的研究结果如下:1、表明了程海湖在不同水深条件下,南部和北部的水环境显著不同,其中,在表层主要差异环境因子有DO、F^—、TN、Turb、ORP、TDP、TDN和NH₄-N,在中层主要差异环境因子有TDN、TN、ORP、TDP、DO、pH、Ca、F^—（氟化物）和Br^—,在底层主要差异环境因子有ORP、TDN、NH₄-N、TP;另外,在北部不同水深的环境条件显著不同,具有明显的水质分层现象,从表层到底层,chl-a、DO浓度逐渐降低,TDP浓度有小幅度的升高;在南部水质分层不明显,不同水深环境条件差异不显著。2、揭示了程海湖在不同水深条件下,南部和北部浮游动物群落均具有显著差异;在南部和北部湖区,表层与底层的浮游动物群落均具有显著差异,但是北部的不同水深的差异程度要高于南部。另外,对不同水深群落的整体比较分析发现表层的主要优势类群为生物体型较小的轮虫和原生动物,随着深度的增加,生物体型相对较大的桡足类和枝角类对南北差异的贡献逐渐增大。在垂直方向上,我们发现南北部浮游动物群落分布有一个共性:随深度增加,造成垂直方向上生物群落差异的主要物种的生物体型逐渐增大。3、阐明了在不同水深（表、中、底）条件下驱动浮游动物群落南北差异性分布格局形成的关键环境因子不同,在表层是pH、TOC、Turb,在中层是TP、NO₃-N、ORP。而在底层本研究没有识别出关键的环境因子。另外,驱动南部浮游动物群落垂直分布的关键环境因子是T、chl-a、DO,驱动北部浮游动物群落垂直分布特征性的关键环境因子是NH₄-N、TDP、F^—、chl-a。本研究结果表明不同水深条件下,关键影响因子不同,同时南部和北部导致浮游动物群落垂直分布的关键环境因子也不同,因子针对高原深水湖泊进行系统的分层分析对于高原深水湖泊生态评估、生态问题诊断以及管理均具有重要性和迫切性。同时,这一研究结果为高原深水湖泊的生物多样性研究提供了很好的范例,为高原湖泊管理及保护提供重要参考。