随着全球经济的快速发展，资本市场的日益完善，以及财务舞弊事件的频发，企业的内部控制已经成为现代企业关注的一项重要内容，并被世界各国的理论界与实务界人士所重视。内部控制与企业日常经营的每个环节都息息相关，其不但能改善企业的经营管理效益、保障企业的财产安全，而且可以使各个经营环节有机联系、相互协调、共同发展，对企业财务绩效的提升具有重要意义。因此，构建完善合理的内部控制制度对提升企业财务绩效至关重要。医药制造业不仅是高危行业，而且也是我国国民经济的重要组成部分。医药企业的持续健康发展，离不开企业内部控制的支持。内部控制不仅是提高医药企业财务绩效的保证，也是提高产品质量、控制各类风险的重要机制，并且关于医药制造业内部控制同财务绩效相关性的研究成果较少，因而本文选取医药制造业为研究背景，希望能够为后人的研究和实践提供一定的参考价值。　　本文阐明了选题背景、研究意义、研究方法及创新点。在归纳和分析了本论题国内外现有研究成果的基础上阐述了内部控制和财务绩效的相关概念和理论，并从内部控制五要素及目标出发，深入分析内部控制对财务绩效的影响，据此提出六条假设。本文选取深交所医药制造上市公司作为研究对象，整合2012年和2013年的数据作为本研究的样本数据，进而通过实证研究来论证内部控制五要素和内部控制有效性对于企业财务绩效的影响。本研究主要以企业内部控制自我评价报告为依据，参考企业财务报告、会计师事务所对内部控制自我评价报告出具的独立意见对内部控制五要素进行量化，并在此基础上结合迪博内部控制指数来评估内部控制有效性，选取综合性较强的ROE和 ROA作为被解释变量，选取资产负债率、公司规模、营业收入增长率和高管薪酬作为控制变量，运用SPSS统计软件，通过实证研究来分析企业内部控制对财务绩效的影响。　　研究结果表明：其一，内部环境、风险评估、信息沟通、控制活动以及内部控制有效性对企业财务绩效指标有着十分明显地正向影响；其二，内部监督对财务绩效指标不存在显著相关性；其三，根据实证分析的结果提出相应的对策建议，以使医药上市企业能够有效完善内部控制机制，进而大幅度地提升财务绩效。