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自然发酵驼乳制品未经任何处理自然发酵而成,其微生态环境未遭破坏,从而乳酸菌的生物学特性和基因多样性得到了很好的保留,具有开发和利用价值。其中,自然发酵驼乳有着极好的医疗保健作用且效果良好,这与其中的丰富的乳酸菌资源有着密不可分的联系。因此,挖掘不同地区不同品种双峰驼自然发酵驼乳微生物群落结构和多样性是至关重要的。本研究采用Illumina Miseq测序技术,对内蒙古阿拉善、苏尼特和新疆自然发酵驼乳中的微生物菌群结构和多样性进行了比较分析。同时对理化性质进行测定并分析了其与菌群之间的关联性。理化指标结果显示,不同地区自然发酵驼乳pH值和滴定酸度存在显著差异(p<0.05),新疆、阿拉善和苏尼特自然发酵驼乳pH值分别是4.70±0.057、3.65±0.052 和 4.03±0.080;滴定酸度分别为 95.81±3.366°T、197.2±15.251°T和154.4±16.858°T。风味分析,三个地区的自然发酵驼乳主要在酸、咸、鲜味上存在差异。通过16S rRNA V3-V4区的测序发现,26份自然发酵驼乳样品共得到1275266个序列条,平均长度为447 bp和290个OTU。多样性指数分析发现,苏尼特自然发酵驼乳中微生物群落丰富度和种群差异性比阿拉善和新疆自然发酵驼乳大,细菌多样性也高。在门水平上,苏尼特、阿拉善和新疆自然发酵驼乳中的细菌门均以Firmicutes和Proteobacteria为主,其中Firmicutes为绝对优势菌门。在科水平上,阿拉善自然发酵驼乳的主要优势菌科是Lactobacillaceae 和Acetobacteraceae,而苏尼特和新疆自然发酵驼乳主要优势菌科均为Lactobacillaceae 和 Streptococcaceae,其中绝对优势菌科是 Lactobacillaceae。在属水平上,阿拉善自然发酵驼乳的主要优势菌属是Lactobacillus和Acetobacter,苏尼特和新疆自然发酵驼乳的主要优势菌属均为Lactobacillus和Lactococcus,其中Lactobacillus为绝对优势菌属。阿拉善和苏尼特自然发酵驼乳中还检测到了Bifidobacterium,Wolbachia和Delftia等菌属,而新疆自然发酵驼乳中没有。此外,本研究还检测到有害菌属志贺菌属。理化指标与微生物群落组成之间的关联性分析发现,阿拉善和新疆自然发酵驼乳微生物菌群与风味的关联性最大,而与滴定酸度关系较小,其中涩味、苦味和苦味回味受微生物菌群影响最大。而苏尼特自然发酵驼乳中微生物群落组成与理化指标之间的关系最小。另外,Streptococcus和Enhydrobacter菌属对风味、pH值和滴定酸度的影响最为显著(p<0.05)。Lactobacillus对苦味有显著影响(p<0.05),对其他风味无影响。