2008年世界金融危机以来,面对着经济下行压力和就业增长乏力的压力,各国政府纷纷出台诸多政策措施鼓励科技活动,旨在实现区域经济持续增长和充分就业。高科技企业的诞生和成长通过资源配置效应、技术创新效应、制度创新效应、产业集聚效应能够有效地推动区域经济的可持续增长。如何提高区域科技创业水平,实现科技成果的产业化,日益成为实业界和理论界的关注焦点。区域科技创业系统的运行机制是什么?以及如何制定公共政策,以促进区域科技创业系统优化成为具现实和理论意义的研究课题。针对上述问题,本文以复杂性科学为理论视角,基于自下而上的分析逻辑阐述区域科技创业系统运行机理,构建区域科技创业系统多Agent模型,模拟系统内政府、在位企业、中介机构、金融机构、高校与科研机构等五大类Agent间的交互作用,研究区域科技创业生态系统的演化规律。基于NetLogo5.0.5仿真平台,通过计算机仿真技术,模拟政府政策变量对区域科技创业系统的影响。研究结果发现：(1)政府的创业政策组合,比单一的政策措施更有利于区域科技创业系统的培育。(2)政府在引进科技人才进行创业的同时,也要引进相关的中介组织以及创业投资机构加以保障。(3)政府的创业基金通过PE/VC等投资机构对科技创业者投资,更能有效的促进区域科技创业水平的提高。(4)浓郁的创业文化和区域产学研合作网络有利于区域科技创业系统的良性发展。此外,本文以南京为例验证仿真研究结果,在对南京市科技创业系统的发展现状分析的基础上,借鉴硅谷、特拉维夫、新加坡等世界先进地区科技创业系统的建设经验,从创业政策、创业投资、科技人才、创业服务、创业文化等方面,提出优化南京区域科技创业系统的政策建议。