随着社会经济的发展，自主创新已成为企业发展的核心，更是推动现代经济增长的关键因素。对此，政府提出了建设创新型国家的发展战略，把增强自主创新能力作为调整产业结构、转变增长方式的中心环节。在这样的经济背景下，研究金融制度安排对企业自主创新的作用影响，对于深化中国金融发展模式的思考，加快金融体制改革，改善企业的外部环境，更好地为自主创新和经济发展服务，具有重要的现实意义。虽然，自熊彼特在《经济发展理论》中强调了金融对技术创新的重要性后，围绕金融体系发展与自主创新的相关研究不断涌现，但专门针对金融安排与企业自主创新的研究并不多见，有关探索两者之间内在作用机理的文献更是鲜见。文章梳理了国内外关于金融安排和企业自主创新的研究现状，在现有的研究成果和理论支撑的基础上，对FDI溢出效应、外源融资在金融安排和自主创新之间的影响作用进行理论分析，探寻两者间的直接作用路径和间接传导路径，并提出研究假设，构建结构方程模型，实证研究金融安排和企业自主创新的关系。本研究选取全国31个省、自治区、直辖市2001～2010年的省份年度数据为样本观测值，运用结构方程模型对金融安排的三个子维度（金融体系规模、金融体系结构、金融配置效率）与企业自主创新的关系进行实证分析，结果表明：金融发展规模、金融体系结构以及金融配置效率与企业自主创新之间呈显著正相关，这反映我国目前的金融制度安排对企业提升自主创新能力有着明显的促进作用；通过进一步检验分析得出，金融安排的三个子维度中，金融发展规模对企业自主创新的促进作用最大，而金融体系结构对企业自主创新的影响作用最小；FDI溢出效应、外源融资在金融安排和企业自主创新之间起到间接传导作用，即金融发展规模、金融体系结构以及金融配置效率是通过FDI溢出效应、外源融资来间接影响企业自主创新。最后，本文以实证研结果为依据，对深化金融体制改革、提升企业自主创新能力提出了相关建议。