动物园是开展生物多样性和自然保护公众教育的理想基地,恒河猴作为深受游客青睐的物种之一,在我国各动物园中几乎都有恒河猴的存在。然而,恒河猴作为国家二级保护动物,其圈养种群的遗传多样性状况究竟如何?目前尚缺乏系统的研究报道。本研究选取我国11个动物园211个恒河猴个体为代表,主要以线粒体DNA控制区(D-loop)区为分子标记,采用种群遗传学的分析方法,对我国动物园圈养恒河猴的遗传多样性进行评估,并试图将线粒体COI和COII基因作为恒河猴亚种DNA条形码在分子层面对圈养环境下的恒河猴进行亚种归类,其结果将为我国动物园圈养恒河猴的遗传管理以及野生恒河猴遗传资源的有效保护与利用提供一定的科学依据。主要结果如下:1)动物园恒河猴圈养种群整体拥有较高遗传多样性水平(单倍型多样性Hd:0.98,核苷酸多样Pi:0.06311)。在11个动物园圈养种群中,西藏动物园的遗传多样性水平最低,这可能是由于西藏动物园种群恒河猴来源单一,已经产生了一定的近亲繁殖。2)基于野生和圈养恒河猴线粒体DNA的系统发生分析结果表明,中国恒河猴主要分为两大支系,各动物园恒河猴线粒体单倍型镶嵌在多个单倍型群中,说明各动物园恒河猴来源较广泛。3)恒河猴各亚种的线粒体COI和COII基因都具有一定的遗传变异,存在亚种DNA条形码间隔,COI基因构建的系统发育树能形成明显的聚类,COII基因构建的系统发育树不能形成明显的亚种聚类,COI基因更适合在恒河猴亚种鉴定中作为DNA条形码使用。4)以COI基因为DNA条形码,构建的系统发育树表明,圈养恒河猴个体与已明确的野生恒河猴亚种分别聚类,显示出圈养个体较清楚的亚种归属关系。