大黄鱼是中国养殖量最大的海洋经济鱼类，对其遗传基础的深入研究与认识具有重要的意义。miRNA自上世纪末被发现以来，因其能够调节一系列重要的生物学功能，引起了越来越多研究者的重视，目前已在很多物种，特别是模式物种上有对于miRNA相关的研究和报道，但对大黄鱼miRNA的报道还很少。研究大黄鱼中miRNA发挥的作用，可以加深对大黄鱼经济性状遗传基础的了解，并为遗传改良提供理论指导。本研究利用同源比对和从头预测的原理搭建miRNA挖掘流程，并对流程进行优化，使用优化后的流程在全基因组和全转录组水平对大黄鱼miRNA进行挖掘，并对挖掘到的miRNA进行靶基因预测与注释，同时研究了miRNA上的SNP（single nucleotide polymorphisms，单核苷酸多态性）对其靶基因的影响。主要结果和结论如下:　　1.利用同源比对的方法，在大黄鱼基因组和全转录组序列中分别挖掘miRNA分别得到273个miRNA和54个miRNA，去除冗余后共获得287个miRNA;基于miRNA成簇出现的特性，利用从头预测的方法在大黄鱼基因组中挖掘得到131个新的miRNA分子;两者合计共得到418个miRNA，为大黄鱼miRNA特性与功能研究奠定了基础。　　2.大黄鱼成熟miRNA分子长度从16nt～27nt不等，平均为21.74nt，其中以22nt最多，占比达33.3％。碱基组成分析发现第23个碱基位置上腺嘌呤的比例显著低于其余三种碱基的比例。利用miR-12、miR-22、miR-34和miR-203家族的前体构建的进化树发现miRNA家族前体在不同的物种之间同时显示出保守性和多样性。　　3.对挖掘得到的418个miRNA分子，利用miranda和RNAhybrid进行靶基因的预测，分别得到16142和23510个靶基因，两者的交集为16053个。对预测的靶基因进行了GO和KEGG的注释分析，为后续的研究提供了参考资料。　　4.通过对比大黄鱼基因组SNP，最后在19个miRNA的种子区域发现了22个SNP位点。比较基因组不同区域SNP出现的频率发现，相较于周边的区域，miRNA中SNP出现的频率最低。对这些具有SNP位点的miRNA进行靶基因的预测，发现其靶基因数目在SNP影响下显著增加。