自从我国加入WTO后以及《世界烟草控制框架公约》的签署以来,我国烟草行业便迎来了新的考验与挑战。烟草工业企业想要在激烈的市场竞争环境下生存,就必须依靠技术创新与技术进步,采用科学的项目管理方法开展技术改造项目,以提高企业自身的核心竞争力。项目管理指挥部作为技术改造项目的具体实施管理单位,如何进一步提高其组织有效性,更加科学地对工程项目进行管理,确保工程保质保量的如期完工,是目前亟需解决的问题。本文以JS中烟工业有限责任公司XZ卷烟厂A技改工程项目指挥部为例,以组织有效性理论以及组织管理相关理论为依据,以项目指挥部实际工作为基础,对指挥部的全体成员进行了问卷调查。通过本次调查研究,发现XZ卷烟厂A技改工程项目指挥部组织有效性存在问题,影响其组织有效性的主要问题有一下几点：一是工作职责划分不合理,岗位定位存在漏洞；二是组织缺乏沟通协作,交叉作业问题严重；三是工作流程存在明显冲突。通过对这些问题的分析并依据BPR业务流程再造理论,对项目指挥部的工作流程进行梳理整合,精简冗余业务工作流程,设置项目小组及项目小组负责人等方面提出了具体的解决措施,通过流程优化形成新的项目组织结构,达到提高项目指挥部的组织有效性的目的。本文通过对项目指挥部组织业务流程进行分析与优化,对提高项目指挥部组织整体运行效率与管理水平有较强的借鉴意义,也为工程后续建设提供了有力的保障。