高校在社会发展中承担着培养人才、自主创新、知识产出等重要作用,高校发展的好坏,产出的数量、质量的情况直接关系到国家的发展,在全球化竞争的今天,提出科技兴国战略的我国政府高度重视高校的科技活动情况。虽然高校的政府科技投入在不断增长,产出也有所提高,但是我国高校的政府科技投入中还存在着很多问题,造成了绩效低下,而绩效评价和监管体系的完善对提高高校政府科技投入绩效起很大的作用。为了完善绩效评价和监管体系,进而提高高校的政府科技投入绩效,本文进行了相关研究。在绩效评价方面,本文以高校的主要职能和政府对高校的期望为依据,进行指标的选取,产出指标包括人才培养、知识产出、经济带动三大块,依据社会功能和目标体现、全面性和合理性、可操作性和公开公正性的原则进行了绩效评价体系的构建,并使用基于完全包络面的DEA SUPER方法对2002年到2008年我国高校的政府科技投入绩效进行评价,结果表明,虽然08年我国高校的政府科技投入绩效比02年的绩效有所增长,但是7年内,绩效波动比较大,这说明我国高校对政府科技投入的利用不是很好,有待提高。在监管方面,本文分析后认为目前我国高校的政府科技投入中主要存在科研资金分配不够合理、资金管理和运用不到位、缺乏完善的激励与约束机制和未能大量引入其他来源的科技投入等几个方面的问题,结合绩效评价结果的分析,本文认为可以从明确政府角色、引入市场竞争机制、优化投入管理机制、建立网络数据平台、完善激励机制、探索其他科技投入方式、引入第三方评价机构和建立管理问责制等方面来加强对高校的政府科技投入的监管。本文提出了高校的政府科技投入这一新对象进行绩效评价研究,并运用基于完全包络面的DEA SUPER方法对绩效进行实证分析,最后根据绩效评价的结果就高校的政府科技投入监管提出相关意见,为高校和政府在理论和实践方面提供了参考依据。