在科技经济高速发展的今天,创新成为决定一个国家和地区经济长期持续稳定增长的重要因素。传统意义上的创新在推动经济快速增长的同时,往往会带来生态恶化、环境污染等一系列问题。集中力量发展绿色创新已经刻不容缓。绿色创新的关键问题是提高资源环境绩效,即通过提高资源利用效率的方式,降低能源使用强度及污染物的排放。在我国,环境资源与创新资源都有限的情况下,研究如何尽可能地以最少的投入获得最多的产提高环境与创新资源的利用效率,即绿色创新效率,对于缓解资源不足、提升我国的可持续发展能力和区域创新能力都具有重要的意义。本文通过对绿色创新理论和可持续发展理论的梳理与总结,阐述了绿色创新效率的内涵,并以此为基础建立了绿色创新效率的评价指标体系。在引入能耗和环境因素等指标的情况下,运用带有非期望产出的SBM模型测量2009-2013年我国各区域的绿色创新效率,通过对测度结果的分析,发现:我国各地区的绿色创新效率值呈上升趋势,但是区域差异性明显,东部、中部、西部地区的绿色创新效率值依次递减;环境规制和政府支持对绿色创新效率有正向直接效应,其中环境规制的影响显著。因此,为了提升我国各区域的绿色创新效率,需要加强环境规制,提高管理水平,采取差异化的创新支持政策,合理调整创新资源投入。