牡丹(Paeonia suffruticosa Andr.)为芍药科(Paeoniaceae)芍药属(Paeonia)牡丹组(Sect. Mouton DC.)的木本植物。中国的牡丹资源丰富,但目前对于牡丹野生种质资源的开发利用还不足。我国近代杂交育种起步较晚,尤其是组间远缘杂交工作,缺少可用的亲本材料。而对于组间远缘杂交,大量杂交苗使得早期的管理养护以及筛选变得较为困难,耗费大量的人力物力。为此,利用SSR标记鉴定对杂种后代进行早期鉴定,非常必要。本研究以解决上述问题为切入点,分别利用卵叶牡丹、凤丹、牡丹高代杂种、芍药Ⅰ、芍药Ⅱ等为亲本材料,进行杂交试验,筛选优良亲本材料及杂交组合。并从杂交后代中选取部分后代进行SSR标记早期鉴定。结论如下：1.杂交试验证明,卵叶牡丹与凤丹均为优良的杂交亲本,无论作为父本还是母本与传统栽培牡丹杂交,均具有较高的亲和性；牡丹高代杂种是优良的组间杂交父本材料,以其为父本与芍药杂交具有较高的亲和性,可以获得大批组间杂交种子。此外,本试验中芍药Ⅰ以及芍药Ⅱ做母本与牡丹高代杂种杂交,也具有一定的亲和性,可作为组间杂交母本材料使用。经过大量杂交组合试验,本研究筛选出优良的近缘杂交组合为：卵叶牡丹ב红莲’(紫斑牡丹)、‘凤丹’ב玉绿’、‘凤丹’ב紫金城’(紫斑牡丹)；优良组间杂交(芍药×牡丹)组合有’MW’×’Southern Aurora’、’MW’× ’Adelphi’、Ⅰ-1×’Southern Aurora’、Ⅱ-11×’Southern Aurora’。2.通过SSR标记对三个杂交组合‘Ⅱ-6’×’Southern Aurora’、’MW’×’Medora’、 ’Ⅰ-1’×’Southern Aurora’的26株后代苗进行鉴定,发现这些后代均为真杂种,真杂种率为100%；通过聚类分析发现,他们与父本的亲缘关系更近。说明牡丹高代杂种与芍药之间的组间杂交后代具有偏父遗传的特性。