十个绵羊品种mtDNA遗传多态性与系统进化研究

来源 :西北农林科技大学 西北农林科技大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:li81641143
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为了进一步明确我国地方绵羊品种的起源、分类及遗传关系,本研究从中国甘肃、宁夏、陕西、山东、河南、新疆、青海等省、市自治区采集了兰州大尾羊(Lanzhou large tail sheep,LLT)、滩羊(Tan sheep,TS)、同羊(Tong sheep,TTS)、小尾寒羊(Small-tail han sheep,STH)、大尾寒羊(Large-tail han sheep,LTH)、阿勒泰羊(Aletail sheep,ALT)、西藏羊(Tibetan sheep,TBS)、多浪羊(Duolang sheep,DL)8个地方品种,并在陕西榆林采集了2个外来纯种萨福克绵羊(Suffolk sheep,SFK)和道塞特绵羊(Dorset sheep,DST)作为对照。本试验采用上游引物L15387 :5′AGCCCCACTATCAACACC3′和下游引物H16149:5′AAATAGTTACCCCCACAGTTAG3′。具体扩增序列位置是靠近tRNA pro一侧的D-loop 763 bp ,其中包含了D-loop上游50 bp。并通过测序分析D-loop高变区序列对我国的绵羊品种进行起源进化和多态性研究,结果如下:1.本试验所研究序列已提交GenBank,登录号:EF494774~EF494792,EF494802~EF494826,EF494875~EF600931,EF494842~EF600924,EF494866~EF600929,EF600912~EF600917。供试绵羊mtDNA D-loop HVI序列A、T含量占优势,其中国绵羊品种与外来品种mtDNAD-loop序列碱基组成没有明显的差异,说明了绵羊mtDNAD-loop为A、T富集区。2.供试绵羊mtDNA D-loop序列的长度范围为522 bp~683 bp,共有19种分子类型。这种长度变异除了少数碱基的缺失和插入之外,主要是由于D-loop区存在2~5个75 bp的串连重复序列所致。但这种序列长度的变异在单倍型中的出现是随机的,并不能作为单倍型的序列特征。3.本试验所获得的93条绵羊mtDNA D-loop序列,共发现了63种单倍型,共有73个变异位点,其中单一多态位点有30个,简约信息位点有43个。除了缺失和插入位点外,还包括22处碱基转换和1处碱基颠换,转换和颠换之比为14.8。说明绵羊线粒体碱基替换存在转换偏倚现象。4.本试验所获得的93条绵羊mtDNA D-loop序列单倍型多样度和核苷酸多样性分别为0.981、0.02900,平均核苷酸差异数K为9.309,反映了中国绵羊品种遗传多样性较贫乏。5.对D-loop区所测个体的所有单倍型利用MEGA 4.0进行NJ, UPGMA和ME聚类时,中国绵羊mtDNA D-loop单倍型序列聚类成A、B、和C三大支系。为了增加结果的可靠性,借用GenBank己发表的摩佛伦羊、赤羊、羱羊、盘羊和家绵羊的D-loop区序列与本研究中的所有序列一同聚类,结果摩佛伦羊聚在B单倍型组中,说明摩佛伦羊与家绵羊的关系较近。而赤羊自成一类,并没有出现在3个单倍型组中。说明现代家绵羊存在3个母系起源,且第三个母系起源地可能就在中国。
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