MicroRNAs(miRNAs)已被证明可以调控许多参与各种生物代谢过程的基因在转录后的表达。近年来,随着深度测序及芯片技术的应用,有关miRNA的发现和功能分析的研究在动物界得到广泛研究。本研究使用第二代测序技术对日本七鳃鳗(Lampetra japonica)白细胞的小RNA进行了高通量测序,共得到5207787条小RNA序列,其中有4739346条序列拼接为10989种miRNA变体。基于序列相似性的预测,发现这10989个变体序列与分属306个高度保守的miRNA家族的已知miRNA序列相匹配,且极少数保守miRNA家族的成员呈极高丰度表达。另外,有70个序列被预测为新的miRNA并对它们的前体及二级结构也进行了预测。通过miRNA微阵列技术鉴定与验证了34个新预测的miRNA分子在免疫处理的日本七鳃鳗白细胞中有表达,其中有16个miRNA前体的最低折叠自由能系数大于0.85,说明日本七鳃鳗存在特异性miRNA。结果表明,这些物种特异性miRNAs的存在可能在七鳃鳗的白细胞生长、发育和对疾病的反应中发挥重要的调控作用。为了进一步验证高通量测序技术所得的新的miRNA序列的真实性,还引入支持向量机的方法,将七鳃鳗miRNA前体(pre-miRNA)序列的结构特征作为支持向量机工具Lib-SVM的输入向量,经过Grid程序优化参数后,开发出了一个序列预测程序Lj-miRSVM,并通过10倍交叉法验证的方法,得到的平均敏感性和特异性分别为95%和95.9%,准确率为95.8%,接收者操作特征曲线(ROC)下的面积比约为98.9%,说明我们所开发的这一预测七鳃鳗的程序可行性还是很好的。同时,我们使用Lj-miRSVM预测程序,对其他20个物种的pre-miRNA也进行了预测,得到平均正确率为78.5%,说明这一程序的分类效率还不错。