【摘 要】
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移植瘤(PDX)作为一种重要的动物模型,被广泛应用在抗肿瘤药物研发和癌症机理研究等领域中。近些年基因组学和高通量测序技术的不断发展为移植瘤的遗传背景研究提供了支持。结
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移植瘤(PDX)作为一种重要的动物模型,被广泛应用在抗肿瘤药物研发和癌症机理研究等领域中。近些年基因组学和高通量测序技术的不断发展为移植瘤的遗传背景研究提供了支持。结直肠癌(CRC)是一种高发病率和高死亡率的癌症,需要在遗传背景层面提供更多的依据来进行新的药物研发和药物筛选。拷贝数变异(CNV)作为一种重要的DNA突变,在癌症发生发展、药物反应中发挥着作用。我们通过对4个结直肠癌样本以及6个对应的移植瘤进行全基因组双端测序,获得62.89~100.01X基因组覆盖深度。对结直肠癌及其对应移植瘤进行拷贝数检测分别得到拷贝数变异总长195.97~400.40Mb、384.37~1450.81Mb,最终获得结直肠癌及其对应移植瘤的拷贝数图谱。结果显示移植瘤与对应原肿瘤之间拷贝数相似性很高,原肿瘤与移植瘤成对样本间拷贝数相关系数为0.636918~0.868897,显著高于非成对原肿瘤样本相关系数(0.191743~0.420041)。其中39个结直肠癌相关基因的拷贝数也有很高的相关性,89.74%基因的相关系数大于等于0.5。这些高度相似性表明移植瘤在移植过程和在宿主小鼠体内生长过程中保留了基因组拷贝数特征。另外,我们发现拷贝数区域在移植瘤中发生了延伸和扩展,以及很小比例的拷贝数倍数变异。这些移植瘤区别于原肿瘤的拷贝数差异,可能解释了一些药物临床试验失败的原因,也给临床前药物试验提供遗传背景支持。
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