种子园的交配系统监测中十分重要的部分就是对花粉动态的评估，授粉动态将直接影响到种子园遗传多样性及种子的遗传质量。本论文是通过分子遗传学鉴定、分析，对侧柏种子园的授粉动态进行评估，进一步指导种子园的升级改造和提高种子遗传品质。研究以河南省郏县侧柏无性系种子园为对象，补充开发了柏科植物通用的叶绿体微卫星分子标记(cpSSR)，调查了该种子园亲本花粉产量，借助cpSSR和EST-SSR标记对种子园无性系和子代样本进行遗传分析和谱系重建，评估了侧柏初级种子园亲子代的遗传多样性和传粉特征。分析后得到主要结果如下:　　(1)获得了26对cpSSR引物，设计的引物在柏科9个属的17个物种中都能成功扩增并有潜在多态性，这些引物为柏科物种提供很好的标记资源，且其单亲遗传的特点能让其成为森林遗传学研究和针叶树育种的重要工具;　　(2)种子园存在较高的异交率(98.60％)和花粉污染率(17.19％)，子代群体等位基因多样性水平有所上升，但存在少量低频等位基因的丢失;　　(3)各无性系之间雄配子贡献存在明显不平衡，不同无性系与同一无性系的不同分株间的花粉产量差异都很大，花粉产量与授粉成功率之间没有显著的相关性。　　基于这些结果，本研究建议采用积极的花粉管理方法以确保种子园生产的种子的遗传多样性得到保持并尽可能地增大遗传增益;与此同时，要确保种子园定期进行生殖力调查和交配系统情况监测，以便及时调整种子园的经营管理策略，延长种子园的使用寿命。本研究为侧柏及针叶树种子园遗传改良研究和经营管理提供了重要参考。