麋鹿(Elaphurus davidianus)是我国Ⅰ级重点保护的珍稀濒危动物,野生种群在经历了商周的鼎盛时期之后开始走向衰落。至十九世纪末,麋鹿在我国本土灭绝,而早期自我国引入欧洲的仅存18只个体被集中散放于英国的乌邦寺庄园,成为了全球现今3000多只麋鹿的奠基种群。第一次世界大战后,乌邦寺的麋鹿种群日渐扩大,并开始“对外输出”。其中,北京南海子“北京麋鹿生态实验中心”于1985年重引入麋鹿38只,建立了麋鹿自本土灭绝以来我国的第一个人工散放式半放养种群。然而,麋鹿在经历了十九世纪末极其严重的“瓶颈效应”以及其后乌邦寺庄园“对外输出”的多次“间歇性瓶颈效应”之后,究竟还保留着怎样的遗传多样性这一科学问题,一直深受学术界的关注。鉴此,本文在“建立AFLP分子标记检测体系”的基础上,通过对北京南海子“北京麋鹿生态实验中心”245只麋鹿的AFLP检测,获得了遗传多样性的相关参数,初步解答了学术界关注的上述问题,其主要结果报告于后：一、麋鹿AFLP分子标记系统的建立(1)提取高质量、无降解的基因组DNA。(2)200-400ng的基因组DNA于37℃经0.5U的EcoR I和Mse I限制性双酶切2h,后20℃接头连接2h。(3)1%琼脂糖凝胶电泳检测,酶切和连接产物在100-1500bp范围,且呈均匀的弥散状分布。(4)两次PCR扩增前模板DNA均1：10稀释,用1%琼脂糖凝胶电泳检测,其预扩增产物主要在100-800bp范围且呈典型的弥散状分布。(5)6.5%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测选择性扩增产物,分子量大小分布在50-700bp范围。二、麋鹿遗传多样性的AFLP检测利用从64对引物组合中筛选出的E-AAC/M-CAG、E-AAC/M-CAT、E-AAG /M-CTC、E-AAG/CTG、E-ACC/M-CAC、E-ACC/M-CTT、E-ACT/M-CAC、E-ACT/M-CTA、E-AGC/M-CTA、E-AGC/CTT及E-AGG/M-CTT等11对多态性引物组合进行种群的遗传多样性检测,获得了如下结果：(1)在获得的1086个标记位点中,75个为多态位点。各引物组合多态百分率(PPL)在3.70%-10.91%之间,群体平均多态百分率(PPL)为6.91%。(2)11对引物组合的75个多态位点的个体累积识别率达100%,此AFLP分子标记完全能够区分“北京糜鹿生态实验中心”麋鹿种群的所有个体,即该糜鹿种群的每只个体均具有本文所建立的独有的AFLP指纹图谱。(3)种群的观察等位基因数(Na)为1.0675,有效等位基因数(Ne)为1.0379,Nei’s基因多样性指数(H)为0.0230,Shannon信息指数(Ⅰ)为0.0349,个体间最大的遗传距离为0.001816,最小者为0.000120,个体之间平均遗传相似系数为0.999057±0.0002782。这些参数结果表明了“北京麋鹿生态实验中心”麋鹿种群所有个体间具有极高的遗传一致性,种群整体遗传多样性极低,接近近交系物种,其为一个较为纯合的种群。(4)以林麝、黑麂、梅花鹿和豚鹿等4个物种为外群动物,并基于遗传相似系数矩阵,构建了“北京麋鹿生态实验中心”麋鹿种群所有个体的聚类分析图。在遗传相似系数为0.998810处,种群分为两大类,其中第(Ⅰ)类有181只个体,第(Ⅱ)类有64只个体,并在遗传相似度0.999000水平以上,第(Ⅰ)类和第(Ⅱ)类的每只个体之间的亲缘关系的疏远关系清晰易辨。此外,外群动物与糜鹿的亲缘关系远近为豚鹿>梅花鹿>黑麂>林麝,证实麋鹿与鹿属亲缘关系较近,建议豚鹿可归入鹿属。对遗传相似系数矩阵与聚类树矩阵进行Mental检测,r=0.99882,说明两者极显著相关,所得的聚类树状图具很高的可信度。