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黄姑鱼[Nibea albiflora(Richardson)]属鲈形目(Perciformes),石首鱼科(Sciaenidae),黄姑鱼属(Nibea),是我国近海重要经济鱼类。本文通过黄姑鱼转录组测序数据开发黄姑鱼的微卫星标记,并将所得的微卫星标记应用于3个黄姑鱼群体的遗传多样性分析。同时,利用微卫星标记对雌核发育一代和二代的纯合度进行分析。结果如下:1、利用MISA软件对黄姑鱼转录组测序数据进行分析,共检索到SSR位点12254个,其中单碱基重复约占42.70%,二碱基重复和三碱基重复分别约占32.11%和23.44%,四碱基、五碱基和六碱基重复仅分别约占1.60%、0.09%和0.06%。随机选出120个2~6碱基重复SSR设计PCR引物,有78对引物可扩增获得目的条带。利用南海海区野生黄姑鱼样本对其中的39个具有多态性的SSR位点进行扩增效果验证和评价,结果显示:从39个位点共检测到等位基因243个,平均等位基因数6.23个;平均有效等位基因3.630个;其中有26个位点表现出高多态性。2、选用黄姑鱼转录组测序数据开发的高多态性微卫星分子标记18个,对3个黄姑鱼群体(南海野生群体、东海野生群体以及选育的F4代黄姑鱼群体)进行遗传多样性分析。结果共获得等位基因(N_a)197个,平均10.94个;平均有效等位基因(N_e)5.905个;平均期望杂合度(H_e)0.8132;平均观测杂合度(H_o)0.4530;平均多态信息含量(PIC)为0.7852,各项指标都处于中等偏上的水平,说明本研究中的3个黄姑鱼群体均有较高的遗传多样性。但选育群体的多态信息含量和观测杂合度要低于两个野生群体。聚类分析树表明东海野生群体与选育群体先聚为一小支,然后再与南海野生群体合并为一大支。本研究结果可为黄姑鱼的种质资源保护和良种选育策略的制定提供参考。3、选用12对微卫星标记对黄姑鱼雌核发育一代群体和雌核发育二代群体进行纯合度分析。结果显示,雌核发育一代群体(GYF1)的平均等位基因数、平均有效等位基因数、平均观测杂合度、香农威纳指数以及多态信息含量均高于雌核发育二代群体(GYF2)。12个微卫星位点中,有10个位点的纯合度有所提高,其中有4个位点的纯合度显著提高,且在GYF2群体中都表现为100%纯合。同时,GYF2群体在所检测12个位点中平均纯合度达到0.7944,是GYF1群体平均纯合度0.5632的1.41倍。就两个群体的个体纯合情况来看,GYF1群体中也存在纯合度比GYF2好的个体,因此,在利用人工诱导雌核发育培育良种时,最好结合分子标记辅助选育,筛选纯合度高的雌核发育后代个体进行进一步培育,以加快纯合品系的建立。