水资源是人类生息繁衍最为重要的物质基础，也是最早进入法律调整范围的一类客体。水资源是一种公物，是为公共用物、自然公物、国有公物、自有公物。作为公物的水资源必须满足公物服务于公共利益的要求，也就是说，水资源的使用必须服务于公共使用以及行政使用。按照法理上的分类，水资源分为自由使用、许可使用和私法使用三种类型，在许可使用中又可以进一步分为特许许可使用和普通许可使用。水资源不同类型的使用方式，相对人取得不同的使用权利。在自由使用中，相对人取得的是一般使用权（自由使用权）；在普通许可使用中，相对人取得的是普通许可使用之权，在特许许可使用中，相对人取得的是水资源特许使用权；而在私法使用中，相对人取得是按照私法合同规定所享有的私法上的权利。本文立足于纷繁复杂的水上权利体系，专研于水资源特许使用权，即研究在水资源特许使用中，相对人取得水资源特许使用权。水资源特许使用权指水资源主管机关通过特别法之特许形式为相对人在法律调整下的水资源上设定特定使用权利，相对人经主管机关特许后即取得对该水资源继续占有使用，并得排除他人使用的特许使用权。我国学者大都以行政主体单方构造行政法的体系，本文立足于行政主体和相对人双核的行政法体系，厘定水资源特许使用权在现代行政法体系中的地位，将水资源特许使用权（属于自然资源特许使用权）定位为公法上物的使用制度的一个分支。尽管我们将水资源特许使用权定位为公法上物的使用制度之分支，但是，对于其性质，理论上的分歧非常大。主要有公权说和私权说、物权说和债权说之争，本文在梳理学界理论纷争后，从理论上论证了水资源特许使用权的公法权利属性。正是水资源特许使用权在行政法体系中的这种特殊地位以及作为其基础性权利的水资源所有权的公法权利性质，加之水资源特许使用权本身有着不同于私法权利的特征，决定了水资源特许使用权具有明确的公法属性，为公法上的公物特许使用权。作为公法上的权利，只能从公法的角度运用公法的理论去理解和构建水资源特许使用权制度。将水资源特许使用权界定为公法上的权利，接踵而来的问题是“究竟有哪些类型的水资源特许使用权？”即，水资源特许使用权自身的体系应由哪些权利构成？显然，对这一问题的回答有赖于明确建立水资源特许使用权体系的标准。本文认为，应当以是否经过特别法特许作为形式标准，以经特许后特许权人取得之权利本身是否具有直接支配性、排他性、处分性、持续性作为实质标准，来建立水资源特许使用权体系，并在体系化的基础上实现其类型化。以此标准，从实然角度看，目前在我国的法律中还仅仅是创设了取水权这一种水资源特许使用权，然而在应然视角的考虑，还应该在我国制度和法律之中另行再创设养殖权和具有特许权属性的捕捞权，并将之纳入到水法的调整范围之中。在前述水资源特许使用权基本理论的研究和指引下，本文以输水系统的输水能力和合理有益用水的水资源特许使用权之配置标准，探讨建立我国水资源特许使用权配置的基本制度，并主要分析了行政性配置方式和市场化配置方式的利弊；在规制和监管理论之下，探讨建立交易申报制度为原则，交易审判制度为例外的规制制度，交易评价和利害关系人参与制度，交易监管制度，利害关系人异议制度。