目的：开发黄芩（Scutellaria baicalensis Georgi）的微卫星位点，研究野生黄芩和栽培黄芩的遗传结构和遗传多样性，初步揭示黄芩的道地性成因。方法：本研究以28个野生黄芩居群和22个栽培居群为研究对象，应用磁珠分离法开发黄芩的微卫星位点，应用群体遗传学分析黄芩的遗传结构和遗传多样性。成果：采用磁珠富集法首次针对黄芩开发21对微卫星引物。这套微卫星标记具有很高的分辨率，完全可以满足群体遗传学研究的需要，为进一步开展黄芩群体遗传结构和研究提供了有力的工具。利用本实验开发的引物，对黄芩进行PCR扩增，利用群体遗传学理论分析了野生和栽培黄芩的遗传多样性，结果显示，二者都具有较高的多样性；通过聚类关系分析，野生黄芩居群大致可分为3组，种质的聚类结果与来源地区的分布情况基本一致，而栽培黄芩居群没有明显的地理格局的分布。结论：黄芩的道地产区是黄芩的遗传多样化中心，也是冰期黄芩避难所，优越的环境条件使这一地区的黄芩和其它地区的黄芩发生显著的遗传分化，进一步影响了药材的品质的变化，成为了道地产区，形成了黄芩的道地性。黄芩栽培过程中，不同地区的种质进行了频繁的交流导致了栽培黄芩的杂合度增高，遗传分化变小，栽培黄芩的起源是多中心。