自主创新能力是国家竞争力的核心,农业科研机构自主创新能力是国家自主创新能力的重要组成部分。目前,我国农业科技自主创新能力总体上与发达国家相比还有较大差距。因此,农业科研机构自主创新能力研究,不仅是发展现代农业、建设社会主义新农村和创新型国家的需要,也是农业科研机构自身发展、丰富和发展创新理论的需要,对于全面提高我国农业科技自主创新能力、推动现代农业建设与发展等具有十分重要的战略意义。本文综合运用信息管理理论等相关理论,采用文献分析、问卷调查、案例分析等研究方法,科学界定了农业科研机构自主创新能力的概念、内涵和特征,系统分析了农业科研机构自主创新能力系统及其形成与演化、识别与调控机制,构建了农业科研机构自主创新能力评价指标体系和方法,对农业科研机构开展自主创新能力建设与管理具有很强的理论和实践意义。主要创新性成果包括：(1)在研究提出一流农业科研机构基本特征和科技创新特点基础上,科学界定了农业科研机构自主创新能力的定义、内涵,建立了农业科学机构自主创新能力系统及其结构模型,包括机构内部运行系统、机构内外协调系统、机构外部环境系统。(2)揭示了农业科研机构自主创新能力的形成机理与演化机制,建立了农业科研机构自主创新形成与演化的动力模型,归纳出包括农业科研机构内在驱动力、条件支撑力、发展推动力、需求拉动力、国际影响力等在内的动力因素。(3)阐明了农业科研机构自主创新能力识别与调控机制,建立了“能力识别模型”和“能力调控模型”,强调能力识别的关键在于把握机构内部要素及其结构关系、功能效应,以及外部环境条件的作用和影响；在调控上既要注重要素、结构、功能、环境等的静态调控,更要注重演化过程的动态调控。(4)建立了农业科研机构自主创新能力评价指标体系,并进行了实证分析。该指标体系共包括1个综合指标、3个一级指标,10个二级指标、48个三级指标。农业科研机构自主创新能力是一个复杂的大系统。我们一定要从战略高度系统布局农业科研体系,强化机构内部创新管理,协调机构内外关系,把握外部发展态势,全面提高农业科研机构自主创新能力,以实现其可持续发展。