R&D活动是科学技术活动的核心，R&D投入的数量和成效是影响经济发展和社会进步的重要因素，各国各地区正逐步加大R&D投入力度。然而如何去衡量R&D投入是否有效、资源配置是否合理、能否有效地促进经济增长等等，从而为制定科技政策提供可靠的依据，一直是一个研究的热点。为此，建立合理的方法来评价R&D投入、R&D产出和生产率之间的关系及相互作用，具有重要意义。 在以往的研究中，绝大多数都采用单方程模型，并认为R&D投入直接提高了生产率，忽略了中间产出(R&D产出)。而本文认为，直接提高生产率的是R&D产出，不是R&D投入。这就需要建立多方程模型，对R&D投入、R&D产出以及生产率提高这整个过程进行系统地评估。 本文首先定性地分析了R&D投入、R&D产出和生产率提高三者之间的关系，进而建立了基于区域的RJOP模型(R&D Input，Output and Productivity Model)，把R&D投入、R&D产出到生产率的提高放在一个模型中并在区域层面上进行分析。该模型包含三个函数：①R&D投入函数，描述了R&D投入的影响因素对R&D投入的影响；②知识生产函数，描述了从R&D投入到R&D产出的因果关系；③生产率函数，描述了R&D产出到生产率提高的因果关系。为减少R&D投入产出时滞带来的偏差，分别采用两种方式处理：使用滞后变量和改变观测周期，对应地建立两个模型：有时滞模型RIOP模型(递归联立方程模型)和无时滞RIOP模型分别进行检验。 最后用我国28个省市的大中型工业企业2001-2006年的数据进行实证分析。RIOP模型的回归结果比较满意，以不同的观测周期，以及不同期间的统计结果基本稳定，较为准确地反应出企业R&D过程中的一些现状。