自上世纪八十年代“行政分权”和1994年分税制改革以来,我国由最初的“条条”经济变成了目前的“块块”经济。各省份具有相对独立的“财权”和“事权”,在“锦标赛”的激励下,经济发展迅猛。然而,出于地方保护,财政动机及寻租动机,各地方政府在很多方面实施干预,形成了各省份间的贸易壁垒和市场分割。“十二五”期间,科技进步与创新将作为加快转变经济发展方式的重要支撑。有活力的区域创新系统作为国家创新系统和企业创新系统的媒介,将带动国家自主创新能力和企业自主创新能力的双向提高。因此,建设区域创新系统,提升区域自主创新能力,对于我国经济发展、国际竞争力提升、人民生活水平提高具有战略性意义。市场分割的影响至广至深,本文即是在这样的背景下研究区域自主创新。市场分割是我国区域自主创新的温床还是障碍,这就是本文要回答的问题。本文对市场分割、自主创新、区域自主创新、市场分割与创新的相关文献进行了详细梳理和总结,在深刻理解区域自主创新的内涵和形成的基础上,较为全面地分析了商品市场、劳动力市场、资本品市场三大市场的市场分割对于区域自主创新的影响机制,并构建了三大市场的市场分割指数面板数据,运用计量方法实证检验了三大市场分割对于区域自主创新能力的影响。实证结果表明,截至目前为止,三大市场的市场分割对区域自主创新都起到显著的促进作用,并且这一作用是长期的。劳动力市场和资本品市场的市场分割和区域自主创新之间存在倒U型关系,也即当这两大市场的市场分割过于严重时,会损害区域自主创新。在商品市场上,不存在这一倒U型关系。可见,目前我国社会主义初级阶段的国情下,适当的市场分割和地方保护可能对区域自主创新是有利的。全面的市场整合可能得顺应这样的规律,渐进式地通过不断改革使之适应实际经济发展而实现。鉴于三大市场的市场分割对于区域自主创新影响机制的不同,商品市场和资本品市场应该通过不断地制度创新、法律完善而实现国内市场的整合,劳动力市场的市场分割有其必要性,而应向限制外地人口大量流入,而不限制人才流入的方向发展。