政府投资作为政府行使投资职能、引导社会投资方向的重要手段，国家每年有成千上万亿的资金投入，而如此巨额的投资过程必将面临大量的风险，如何提前预知各类风险，为决策者提供预警信息，以减少政府投资损失，提高投资效益是我国政府投资项目面临的一大难题。本文结合我国政府投资项目代建制的实施情况，从风险、代建制、政府投资项目的相关理论入手，研究了代建制模式下政府投资项目风险的生成机理，并从阶段性、系统性和目标性这三个方面展开风险识别，形成对政府投资项目风险的全面透视；同时，本文从定性分析和定量分析两种方法论视角，详细阐述了政府投资项目风险的评估体系。综合运用上述理论和方法，本文构建了代建制模式下政府投资项目的风险预警系统，明确了风险警报准则和实施流程图。从杭州市中小学校舍安全工程项目实例分析结果来看，该项目风险总体运行一般，还处于受控状态，但在施工进度、成本控制等方面应引起相关部门的重视。本文最后还对政府投资项目风险预警系统的配套建设进行了初步探讨，提出为便于风险预警系统的实施，建议设立政府风险预警管理机构、风险预警信息分析部门、风险预警实施控制部门和信息统计分析平台“三合一”的组织结构模式。