检察机关撤回起诉制度作为一项重要的刑事诉讼制度在我国历经曲折,虽然现行的刑事诉讼法中并没有对其作出相关规定,但是该制度却在实践中得到广泛运用,并产生了许多问题。本文共分为五个部分,分别从该制度存在的理论基础及价值着手,比较评析了域外一些国家或地区有关该制度的规定,在对我国检察机关撤回起诉制度的立法沿革及理论界、实务界对该制度的存废争议作了评析之后,引出我国检察机关撤回起诉制度存在的问题并提出了完善建议。第一部分介绍了检察机关撤回起诉制度的理论基础及价值。检察机关撤回起诉制度以起诉便宜主义下的公诉变更理论、控审分离原则及追诉客观原则为其理论基础,并且能够为人权提供保障、确保公正价值的实现并提高诉讼效率。第二部分对域外检察机关撤回起诉制度进行了比较评析。综观世界各国立法,检察机关撤回起诉制度大致存在三种模式,分别为以德国和法国为代表的禁止模式、以英国和美国为代表的自由裁量模式和以日本及我国台湾地区为代表的限制模式。由于受到不同立法模式及法律传统的影响,在撤回起诉制度上各个国家和地区有着不同的规定,但是,各国均未否定该制度的理论基础及价值,基于我国诉讼模式我们应该借鉴其他国家及地区的有益成果建立完善的检察机关撤回起诉制度。第三部分介绍了我国刑事诉讼法对检察机关撤回起诉制度的立法沿革及存废之争。该制度在刑事诉讼法中的规定经历了从确立到废止,再到两高先后作出了三个司法解释予以重新规定和细化等不同时期,但迄今刑事诉讼法中仍未对该制度作出相关规定。正是由于现阶段撤回起诉制度的尴尬地位,学界对该制度的存在与否产生了较大争论。鉴于检察机关撤回起诉制度有其存在的价值及相应的理论基础支撑,我国检察机关撤回起诉制度不应予以废除,应当继续保留并应对其补充完善。第四部分深入探究并分析了该制度存在的问题。即撤回起诉的提出主体不当；适用情形不合理；撤回起诉的效力不明确；程序适用方面司法解释对检察机关撤回起诉的时间规定不一致,造成了实践中操作的混乱；检察机关撤回起诉是否需要经过法院审查意见不一,且对是否需要征求被害方与被告人意见未作出规定；对撤回起诉的次数和期限没有作出限定；撤回后作出不起诉决定的时间规定不一致；法律没有对撤回起诉后有关强制措施等予以规定；后续的救济程序缺失；文书作出格式不完善及对检察机关作出撤回起诉的监督制约程序存在不足。第五部分针对第四部分指出的问题提出应当在刑事诉讼法中明确规定检察机关撤回起诉制度,撤回起诉只能由检察机关提出,人民法院不能推定检察机关撤回起诉,亦不能建议撤回起诉,同时本文明确了适用撤回起诉的情形,主张在法律没有规定的情况下一律不得适用；明确了撤回起诉将产生终止诉讼的效力。最后为规范检察机关撤回起诉的程序,明确提出在提起公诉后至被告人最后陈述之前检察机关经过检察长或检察委员会决定可以做出撤回起诉决定,并且法院的审查及被害方及被告方是否同意均不影响检察机关决定的作出,撤回起诉后必须向上一级检察机关备案,并且要在撤回起诉决定书中写明具体原因,及时送达被告方及被害方。同时应赋予被害方与被告方不服撤回起诉决定时的救济措施。此外还应建立科学的案件考核评价体系来防止该制度的滥用。