海洋沉积物是海洋环境的重要组成部分,具有高度多样性的微生物生态系统。南海具有丰富的海洋资源,但由于资源的开发及人类活动,南海生态环境受到威胁。而微生物作为物质循环的主要参与者,在维护生态平衡上有着重要作用,是评价环境变化的主要因子。本研究采集了南海西沙宣德环礁39个位点的表层沉积物及海水样品,分析了表层沉积物粒度及海水理化指标;通过高通量测序技术对沉积物样本微生物群落结构进行研究,同时对微生物群落结构与环境因子进行相关性分析,探究影响表层沉积物微生物组成动态变化的环境因子。得到以下主要结论:（1）研究区七连屿海域水动力较强且变化较大,银砾滩和石岛南水动力条件较稳定。深度、COD、NH₄⁺、NO₃^-在研究区变化较大。（2）宣德环礁表层沉积物中微生物物种多样性及均匀度变化较大,不同岛屿或水深间微生物群落结构存在着差异。研究区微生物的主要类群为变形菌门、放线菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、酸杆菌门等。研究区深度和化学需氧量（COD）是影响表层沉积物微生物群落结构及多样性的主要环境因子。菌属Psychrobacter、Vibrio和Pseudoalteromonas的分布受环境因子影响比较显著。（3）研究区丰度较高的菌属Escherichia-Shigella和Vibrio均有致病性。致病菌Escherichia-Shigella在研究区的三个岛屿及不同水深处均有分布,说明研究区可能存在疾病风险;Vibrio在七连屿南岸靠近石头岛处为优势菌,说明此地由于人类活动频繁而受到污染。