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SNP分型和DNA甲基化在分子生物学中具有重要的研究意义，但它们传统的分析方法存在较大的缺陷，而液-质联用技术在SNP分型和DNA甲基化分析中显示出良好的应用前景。目前，应用液-质联用仪，特别是串级质谱研究SNP分型和DNA甲基化鲜有报道，正处于起步阶段。因此，本文将应用高效液相色谱—串级质谱联用仪(HPLC-MS／MS)对人工合成寡核苷酸(ODNs)和甲基化修饰寡核苷酸样品进行研究，初步建立ODNs测序和甲基化定位的质谱分析方法。本研究可以为DNA加合物的质谱分析奠定基础，具有一定探索性，难度也较大。主要研究内容如下：1．应用RP-IP-HPLC对ODNs混合片段的分离，从片段长度、碱基组成、末位碱基差异、片段内二级结构以及不同流动相系统等方面讨论了它们对ODNs片段在RP-IP-HPLC中保留行为的影响。2．应用HPLC-MS／MS快速确定ODNs的分子量，并在合适条件下进行串级质谱分析得到片段序列信息，总结ODNs单级质谱和串级质谱分析的普遍规律。3．应用HPLC-MS／MS对两组SNP分型寡核苷酸进行分析。4．应用HPLC-MS／MS对甲基化寡核苷酸进行分析。5．此外，还对自制高分辨飞行时间质谱仪(TOFMS)进行了调试，并应用TOFMS分析ODNs。通过上述5个方面的研究，得出了以下结论：1．在RP-IP-HPLC中，片段长度越短、片段(G+C)％越大的片段越早洗脱；室温下仅末尾碱基不同的四种ODNs的洗脱顺序为G＜C＜T＜A；在TEAA流动相系统中，具有二级结构的ODNs较不具二级结构的ODNs先洗脱；TEAA和TEAB流动相系统中ODNs洗脱顺序基本相同，主要受(G+C)％和片段长度的影响，而在TEA-HFIP中ODNs的洗脱顺序主要受片段长度的影响，受(G+C)％的影响相对较小；此外，梯度洗脱时有机相梯度越大分离速度越快，分离分辨率越低。2．在HPLC-MS／MS中，ODNs母离子TIC强度主要受片段碱基组成、不同流动相系统、以及仪器参数(如CUR、IS等)影响；ODNs母离子电荷态分布主要受仪器DP值、不同流动相系统、片段长度以及进样方式的影响；ODNs子离子谱图主要受碰撞能和电荷态的影响。碰撞能越大，碎片离子越多，碎片离子m／z分布越窄；在得到相似碎片离子谱图时，高电荷态较低电荷态需较少的碰撞。3．应用HPLC-MS／MS不仅能快速鉴定SNP分型类别，而且可通过测序快速确定位于片段前端或后端的SNP位点。4．应用HPLC-MS／MS可快速定量甲基化率，并且可通过测序确定甲基化位点。T-rich片段中碱基C被m~5C替换时，只使片段在HPLC中的保留时间增加，而不改变片段在MS／MS中的破碎规律。不同电荷态下片段在MS／MS中的破碎规律不同，低电荷态下有利于快速确定甲基化位点。5．自制高分辨TOFMS调试结果显示其具有优越的性能，已成功测试了脱氧三磷酸鸟苷(dGTP)。