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金银花是名贵的中药材之一,有着十分重要的开发利用价值。但金银花优良品种较少,各地栽培品种混杂,分类不清,对金银花种质资源的遗传关系缺乏全面的了解,严重影响金银花新品种的推广及整个产业的良性发展,也制约了金银花良种选育的研究进程。本文以湖南、山东、河南等金银花主产区的主栽品种为试验材料,用简单重复序列间区标记(ISSR)分析技术,开展金银花分子生物学研究,探讨金银花品种间的遗传多样性,为金银花品种鉴定、种质资源的保护和利用提供理论依据。研究结果如下：以灰毡毛忍冬新品种—金翠蕾为试验材料,比较分析了SDS法、CTAB法、改良CTAB法对金银花总DNA提取的效果。结果表明：利用以上3种方法均能提取出完整的金银花基因组DNA,而DNA提取量从大到小依次为SDS法、改良CTAB法、CTAB法,DNA纯度依次为CTAB法、改良CTAB法、SDS法。综合比较,CTAB法是金银花DNA提取的适宜方法。通过单因子试验,建立了金银花ISSR-PCR反应的最佳条件：20μL反应体系中,1×PCR反应缓冲液(Mg2+ free),1.5U Taq DNA聚合酶,0.15mmol/L dNTPs,0.4μmol/L引物,1.5 mmol/L MgCl2,60ng模板DNA。反应程序为：94°C预变性5 min；94°C变性30s,49.9°C退火30 s,72°C延伸1.5 min,35个循环；72°C延伸7min；4°C保存。从100个ISSR引物中筛选出了10个扩增条带清晰稳定、多态性高的引物。这10个引物中有8个为二核苷酸重复,所占比例为80%,其中(AC)。和(CA)。最多,占60%,且产生的多态性条带也最多,说明金银花基因组DNA中含有丰富的TG/GT重复序列。对全部22个样品扩增共得到108条带,平均每个引物扩增出10.8条带,多态性条带比例为88.9%,能充分揭示不同试验材料间的遗传多样性。22个金银花品种间的遗传相似性系数范围在0.41-1.00,平均相似性系数为0.71。金银花品种资源系统树状聚类图充分反映了22个金银花品种个体间的关系,而主坐标聚类图直观的体现了两个金银花群体之间的的遗传关系。