2017年7月,行政公益诉讼制度被正式纳入到新修订的《行政诉讼法》之中,该项规定同时也明确了只有检察机关有权作为原告提起行政公益诉讼。行政公益诉讼制度初步建立缺少了相关配套措施和法律规定,导致了该制度在实际的运行中出现了许多问题,其中,关于行政机关与检察机关如何分配举证责任的问题又首当其冲。综合目前司法实践的情况来看,主要出现了行政机关与检察机关对待证事实举证责任分配不明确、行政机关消极应诉怠于履行举证义务以及检察机关承担举证责任过重等问题。本文以行政公益诉讼举证责任分配的相关理论作为起始点,以大陆法系举证责任分配理论作为基础,分析能够影响行政公益诉讼举证责任分配的因素,并结合我国《行政诉讼法》与《民事诉讼法》中关于举证责任分配的相关规定以及司法实践中行政公益诉讼的案例提出了行政公益诉讼应当遵循的三项原则,即公平分担原则、经济与高效原则、正当取证与处分原则,并构建了属于行政公益诉讼本身独特的举证责任分配规则。本文除引言外,共由四个部分组成。第一部分,行政公益诉讼举证责任分配问题的提出。通过对学界现存在四种有力说观点进行总结和分析,同时,结合现有的法律规定对收集到的行政公益诉讼案例进行分析,提出行政公益诉讼举证责任分配现存的两个问题,即行政机关未履行其相关职责承担相应的举证责和待证事实举证责任分配混乱。第二部分,行政公益诉讼举证责任分配的一般理论。通过界定举证责任概念的,明确选择法律要件分类说作为行政公益诉讼举证责任分配的基础规。同时,分析能够影响举证责任分配的因素,在此基础上提出行政公益诉讼举证责任的概念,即根据相关法律的规定,检察机关与行政机关在行政公益诉讼中分别就行政机关行政行为或不作为的合法性提供证据证明的规则。第三部分,行政公益诉讼举证责任分配的影响因素。通过对行政公益诉讼性质上属于客观诉讼以及检察机关同时具有的原告和法律监督机关双重地位的分析,同时,将行政私益诉讼、民事公益诉讼同行政公益诉讼进行比较,总结能够影响行政公益诉讼举证责任分配的因素。第四部分,行政公益诉讼举证责任分配制度的完善。通过对公平分担原则、经济与高效原则、正当取证与处分原则的分析,明确了在行政公益诉讼举证责任分配中应当遵守的原则。并且,在行政公益诉讼举证责任分配原则的约束下,分别从行政程序和行政诉讼两个视角完善在行政公益诉讼中检察机关需要承担的举证责任与行政机关需要承担的举证责任。