蓝冠噪鹛（Garrulax courtoisi）被IUCN列为极度濒危物种,数量稀少且分布范围十分狭窄,繁殖种群仅现于江西。遗传多样性是物种进化的潜力,蓝冠噪鹛种群的遗传多样性如何关系其种群未来命运。为了探讨蓝冠噪鹛濒危的遗传学机制及其进化潜力,从而对蓝冠噪鹛进行科学保护,本研究开发了微卫星SSR标记并将其用于蓝冠噪鹛种群遗传多样性和亲缘关系分析。主要获得以下结果:1、从蓝冠噪鹛基因组重测序构建的文库里获得110对微卫星引物,筛选出15对具有多态性的引物,并建立起最优SSR-PCR反应体系。在15对多态性引物中,12对为高度多态,3对引物为中度多态,筛选出其中7对高度多态用于下一步蓝冠噪鹛遗传多样性分析。2.选取多态性高的7对微卫星引物对69个蓝冠噪鹛样本进行遗传多样性分析。在69个样本中共检测到40个等位基因,其中稀有等位基因数为14个,占比为33.3%,平均等位基因数为5.714。观测杂合度Ho=0.773±0.061（0.580–1）,期望杂合度He=0.668±0.033（0.583–0.791）,多态信息含量PIC=0.631±0.039（0.507–0.752）。和近缘物种以及蓝冠噪鹛人工饲养种群相比,野生蓝冠噪鹛遗传多样性较高。3.通过对5个蓝冠噪鹛繁殖亚群进行F统计遗传分化分析发现,蓝冠噪鹛群体的近交系数Fis为-0.244±0.066（-0.510-0.023）,总群体近交系数Fit为-0.225±0.063（-0.487-0.038）,群体内存在一定的远交。遗传分化系数Fst为0.016±0.007（-0.012-0.044）,表明群体内近交水平和遗传分化程度均较低。基因流（Nm）均值为8.430,说明亚群间存在一定的基因交流。4.蓝冠噪鹛的种群遗传结构STURCTURE结果表明69个蓝冠噪鹛来自于3个祖先群体;DXHAK群体与WYSM群体优先聚类,再分别和WYHX、WYHOK、WYTB群体聚为一枝;Nei’s遗传距离和遗传相似性指数表明WYSM与DXHAK亲缘关系最近,WYHX与WYTB亲缘关系最远;对蓝冠噪鹛不同亚群之间地理距离和遗传距离的相关性分析结果表明二者之间相关性不显著。遗传距离与地理距离无关,但与地形有关。不同繁殖亚群之间存在沿河迁移的可能。5.利用P2/P8引物对56个蓝冠噪鹛样本进行性别鉴定,其中雌性样本为16个,雄性为40个,性比为0.714,显著偏雄,性比失衡很可能是导致其种群数量增长缓慢的最重要的制约因素。对56个性别已知的蓝冠噪鹛进行亲本鉴定和父子关系鉴定,确定了1对亲子关系和3对父子关系。表明蓝冠噪鹛婚配制度可能是单配制的社群繁殖制。