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[目的] 利用基因芯片检测甲状腺乳头状癌组织、相应癌旁组织、颈部淋巴结转移性甲状腺乳头状癌组织、肺腺癌及相应癌旁组织的共同基因表达和差异基因表达。寻求甲状腺乳头状癌具有特征性或相对特征性的表达基因,探讨基因表达谱在甲状腺乳头状癌病理诊断与鉴别诊断中的应用。[方法] 选取昆明医科大学第一附属医院外科手术切除标本,术中冰冻及术后病理进一步确诊。共甲状腺乳头状癌6例、相应癌旁组织6例、颈部淋巴结转移性甲状腺乳头状癌2例、肺腺癌8例及相应癌旁组织8例。用Trzol提取相应组织的RNA,合成cDNA探针,再与含41000个基因的微阵列杂交,筛选表达倍数≥3倍及P-value≤0.05的数据作为差异表达基因。[结果] 甲状腺乳头状癌与相应癌旁组织比较,共有差异表达基因2255个,其表达上调基因1481个,表达下调基因774个；其中上调的有MMP13、MMP11、RETN、 SYT12、CLDN10、 COL1A1、NKX3-2、NMU、LAMB3、THBS4、SFTPB、ZNF469、EREG、 RETN、DPP4、LIPH、ALPK2、CSTA、STMN2、ASPN等,下调的有TSG101、RN7SK、 CUX2、EDN3、DIRAS2、HBB、MLN、WSCD2、MATN2、MT1G、LRRC7、GPR83、TFF3、 UNC5A、HBG1、TFCP2L1、AQP4、BMP8A、GPR158、LRRC2、FAT3等。颈部淋巴结转移性甲状腺乳头状癌与癌旁组织比较,共有差异表达基因12691个,其表达上调基因5640个,表达下调基因7051个；其中上调的有MAGEA6、HMGA2、SPINK1、EDN2、 BPIFA1、AGR3、GSTT1、MMP1、MMP10、KRT (7,8,18,6A,6B)、RUNX1等,下调的有RPS4Y1、DAPL1、SFTPC、CYP2B6、KAL1、KRT6C等。肺腺癌组织与相应癌旁组织比较,共有差异基因表达3790个；其表达上调1917个,表达下调1873个；其中上调的有MAGEA6、HMGA2、SPINK1、EDN2、MAGEA2B、CTSE、CTAGIA、GSTT1等,下调的有RPS4Y1、DDX3Y、DAPL1、HBD、SFTPC、AGER、CYP2B6、SFTPA2等。甲状腺乳头状癌与肺腺癌比较,得出甲状腺乳头状癌特异或相对特异性差异表达基因976个,其表达上调基因476个,表达下调基因500个；其中上调的有ECT2L、C7orf34、GPR62、MGEA5、SAMD4A、SYN2、FGF6、ORC6、PTPN6、MFNG、 DEFB103B、LOC100130920、EFCAB10、SLC10Al等,下调的有HEBP1、NPIPB15、DID01、 HCFC2、ZNF311、UFC1、SLFN12、SLC2A9、MTHFD2L、NBAS、NDNF、GPC5、CAT、 TOMM70A等。根据GO分析,具有甲状腺乳头状癌器官特异性或相对特异性基因有EMP2、TRIM14、TIMP3、GALNT11、PTGIS、COL11A1、ZC3H7B、ARHGAP33、PGPEPIL、 PGPEP1L等。[结论] 甲状腺乳头状癌和相应癌旁组织存在差异基因表达,颈部淋巴结转移性甲状腺乳头状癌与甲状腺乳头状癌相应癌旁组织比较存在差异表达基因。这些甲状腺乳头状癌与颈部淋巴结转移性甲状腺乳头状癌各自得到的差异表达基因再比较,所得到共同表达基因,结合GO分析。寻求具有甲状腺乳头状癌特异性或相对特异性基因的共同基因,为甲状腺乳头状癌诊断提供了依据,也为转移性甲状腺乳头状癌定位诊断提供了客观的指标。且甲状腺乳头状癌与肺腺癌组织的比较存在基因差异表达,这为甲状腺乳头状癌与肺腺癌的鉴别诊断提供了依据,也为与其他肿瘤相区别及不明原发灶转移性肿瘤的鉴别诊断提供了新方法和思路。