随着我国创新型国家战略的不断推进,科学研究项目在日益增多,高等院校作为我国科学技术研发的主要场所之一,其科研项目的数量和规模会不断扩大,高等院校科研经费审计是学校管理的一项重要内容,近年来,科研经费在高校收入总额中所占的比重节节攀升,其资金的来源也表现出多元化的趋势。为全面落实科教兴国和人才强国战略,建立健全符合科研活动规律的高校内部科研经费审计体制和运行机制,调动和保护高校和科研人员的积极性、创造性,提高资金使用效益,增强高校科研能力,促进教育科技事业科学发展、研究高校科研经费审计势在必行。本文采用理论与实际相结合的方法,首先从高校科研经费审计的相关理论出发,界定了科研经费和科研经费审计的涵义,并对相关的制度基础和理论基础进行了梳理。接着以S高校国家自科基金的科研经费审计作为案例,从组织架构及人员、审计流程及审计实务方面全面分析了该校在国家自科基金经费审计的实际操作中所存在的问题,并深入分析其产生的主客观原因—包括管理制度的缺失、观念的阻碍、经费多元化的特点等。最后,针对之前提出的问题,从各个方面分别提出了改进建议—包括根据项目特点选择审计重点、加强经济活动真实性审计手段、建立健全全过程跟踪审计体系和审计结果公示制度及完善双主体联合审计机制等,旨在进一步完善该校国家自科基金科研经费的审计体制,提高国家自科基金经费的使用效益。本文在S高校现有的审计体系和审计制度的基础上分析该校国家自科基金经费审计过程中出现的问题,同时针对审计过程中的方法选择、审计重点的选取以及方法的运用等相关问题作了进一步的探讨,力求为我国高校科研经费审计领域的研究工作做出一些补充。