PMADS9基因是MADS-box基因AGL15亚家族成员,而AGL15基因被认为在开花植物中具有促进胚胎发生、延缓衰老进程的作用。我们使用PCR法克隆到了PMADS9基因的基因组序列(EU338501),通过southern杂交确定其在基因组中为单拷贝。通过同家族基因比较分析发现矮牵牛PMADS9基因和番茄SIMBP11基因组织结构相似,和其他同源基因相比有着较长的第3外显于和庞大的1、2内含子等显著特征。利用生物信息学分析发现,其第二内含子与第三外显子剪切处在进化过程中曾插入一段外源序列。利用荧光定量分析发现PMADS9基因在花药和子房中优先表达,并在随后的合子胚发育过程中持续表达,这与AtAGL15在拟南芥中的表达模式略有不同。对矮牵牛幼苗施加不同化学和物理处理后发现PMADS9基因对2,4-D和GA3处理有反应,并在多种胁迫环境F表达量增加,可能参与植物抗逆途径。