番茄红素是加工番茄重要的品质性状之一，番茄红素是数量性状遗传，受多对基因控制，番茄红色基因有Del、hp、Ogc、dg、B、t、r等，其中hp和dg基因能显著提高番茄中番茄红素含量，但是每种育种材料中又不能同时含有多个同效基因，所以培育出一种同时含有多个控制番茄红素基因的品种，是提高番茄中番茄红素含量的有效方法。但是传统杂交育种存在育种周期长、工作量大和表型易受环境条件影响等缺点，随着分子聚合育种技术的发展，利用分子标记辅助选择技术聚合两种以上优良性状基因，提高了育种效率，成为育种工作的首选途径。本试验利用SNP分子标记技术，对控制番茄红素的hp-1、hp-2和dg基因进行特异引物标记，建立多重PCR反应体系，并利用多重PCR对F2代植株进行纯合基因型筛选，构制了同时含有hp-1和hp-2、hp-1和dg基因的纯合植株。1.通过在NCBI中查找番茄红素突变基因hp-1、hp-2和dg的碱基突变位点，设计相应的特异性SNP引物，在没有对引物3’末端引物错配的情况下，通过优化PCR反应条件，扩增出了目的片段，反复验证后，结果稳定可靠。2.在单一引物PCR的基础上，将两对特异性引物同时加入同一PCR反应体系中，通过优化退火温度和引物比例，建立起双重PCR反应体系，其中hp-1和hp-2基因双重PCR反应的退火温度是54℃，反应体系中引物浓度比1.8:1.0；hp-1和dg基因双重PCR反应的退火温度是51℃，反应体系中引物浓度比2.0:1.0。3.利用本试验建立的双重PCR反应体系，在307株F2代植株中共筛选出含有hp-1和hp-2基因的纯合基因型植株2株；在342株F2代植株中共筛选出含有hp-1和dg基因的纯合基因型植株3株。4.对通过分子标记筛选出的基因纯合型植株进行番茄红素含量及其他生理指标的测定，结果显示，hp-1和hp-2、hp-1和dg各个基因纯合型植株的番茄红素含量比亲本材料分别提高了15.3%和20.0%，比对照材料番茄红素含量分别提高了36.3%和32.0%。