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黄帝陵拥有我国覆盖面积最大、遗存数量最多的古侧柏群,其遗传多样性的研究对于探讨古树衰老机理及其表观遗传学特征,科学制定保护方案有重要意义。本研究以黄帝陵区古侧柏群为研究对象,利用SSR、ISSR和SRAP三种分子标记方法,对其遗传多样性和群体结构进行分析,并重点对轩辕庙院内19株古侧柏的遗传关系进行了探究。主要结果如下:1.从前期转录组测序结果中成功开发出24对SSR引物、另外分别筛选出7条ISSR多态性引物和33对SRAP多态性引物。其中24对SSR标记的平均多态性电泳条带数为2.333;7条多态性ISSR标记在轩辕庙19株古侧柏中共扩增出85条条带(含多态性条带69条,占81.18%);采用33对多态性SRAP标记对轩辕庙19株古侧柏进行电泳分析共检测到649条带(含多态性条带545,占83.98%),以上结果表明筛选出的SSR、ISSR和SRAP多态性引物均可有效地应用于后续侧柏遗传关系的研究。2.利用24对SSR标记对黄帝陵不同树龄侧柏居群进行遗传差异研究,其结果表明,黄帝陵古侧柏群具有较高的遗传多样性水平(平均期望杂合度为0.324),同时表明黄帝陵古侧柏具有高于幼龄侧柏(50年左右)的遗传多样性水平。AMOVA分析结果进一步表明,古侧柏群的遗传差异主要来源于居群内(95%),即个体间存在着较大的差异。主成分分析结果表明,轩辕庙19株古侧柏和2000年左右的古侧柏具有更高的遗传差异,其遗传变异范围高于幼龄侧柏(50年左右)和1000左右的侧柏,说明轩辕庙的19株古侧柏可能具有比其他年龄段侧柏更多的遗传信息。3.协表征矩阵和相似系数矩阵的Mantel检验结果发现,基于SSR、ISSR和SRAP标记的两个矩阵的相关系数分别为0.798、0.777和0.828,表明SRAP标记是这三种标记中最为有效的,能更好的体现轩辕庙古侧柏之间的亲缘关系。三种标记整合在一起后获得的相关系数(0.820)与SRAP的结果(0.828)相近,高于利用SSR和ISSR标记获得的相关系数,表明将三种标记整合在一起所获得的聚类结果要优于单独使用SSR和ISSR的结果,同时也表明SRAP标记更适合探究轩辕庙19株古侧柏的遗传关系。SRAP标记检测到较高的遗传多样性水平,期望杂合度(He)和Shannon多样性指数(I)的平均水平分别为0.285和0.429;SRAP标记的群体结构分析结果表明,可以将这19株古侧柏大体划分为3个亚群,其中的两个亚群分别以黄帝手植柏和汉武帝挂甲柏为代表;基于非加权组平均法(UPGMA)的聚类分析获得了与主成分分析、群体结构分析相似的结果,与三种标记的整合结果也基本一致,均表明黄帝手植柏和汉武帝挂甲柏存在着较大差异的遗传背景和遗传信息。