本试验采用SLA区域18对微卫星引物对猪群体遗传多态性进行了检测,首先探讨了华南型的滇南小耳猪、巴马小型猪、从江香猪、五指山猪、明光小耳猪,高原型的合作猪,华北型荷包猪以及东北野猪、华南野猪、云南野猪共10个群体346头小型猪的遗传多样性；其次检测了藏猪红毛单系、从江香猪家系以及蓝塘猪家系共6个群体的遗传多样性。通过计算等位基因数(Na)、遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)、单倍型分型等指标来衡量不同群体SLA的遗传多态性,在群体间遗传多样性的分析中采用AMOVA检验、Fst值、邻近结合法进行聚类分析。总体结果概述如下：1.比较了SLA基因群内不同区域的18个微卫星多态性情况,发现Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类区域的微卫星多态性逐渐降低,PIC分别为0.6626,0.5309,0.4619,着丝粒附近的多态性最低,其PIC为0.1739。2.在6个家系群体内共检测到143个等位基因,有5个座位的等位基因数多达10个以上；有2个座位的等位基因数较低,其中SLAMS057仅有2个等位基因,SLAMS094为纯合状态；藏猪红毛单系的等位基因数均高于从江香猪家系及蓝塘猪的4个家系,而从江香猪家系及蓝塘猪4个家系的等位基因数差别不明显。3.10品种小型猪群体间比较,发现华南型小型猪之间、华南型小型猪与过渡型明光小耳猪分化程度较小；东北荷包猪与华南型大部分小型猪、3品种野猪存在较大的分化,而荷包猪与合作猪属于中等程度的分化。通过亲缘聚类分析发现明光小耳猪首先与滇南小耳猪聚合,再与其它华南型小型猪种聚合成一类,由此可以将明光小耳猪归为华南型小型猪品种；另外,华北型2品种小型猪聚为一类,高原型猪种独聚一类。7品种小型家猪群体内进行遗传多样性(以PIC含量为准)比较,最高的为滇南小耳猪(0.6396),其次为明光小耳猪(0.6356),五指山猪(0.6033)、巴马香猪(0.5947)、合作猪(0.5930)、从江香猪(0.5476)、最低为华北型的荷包香猪(0.4330)；在家系群体内,3品种猪家系的个体基本按品种聚合在一起,但也发现部分个体(Tr003,LTB001等)混合于其他群体而出现了交叉混群现象。4.在单倍型研究中,SLA-Ⅰ类区域得到10种单倍型,其中有4种为主单倍型；Ⅱ类区域也得到了10种单倍型,且发现这些单倍型的频率在10.938%-21.184%之间；在Ⅲ类区域发现11种倍型,其中有4种主单倍型；综合Ⅰ-Ⅲ类区域的6个微卫星进行单倍型分型共得到9种单倍型,其中有4种为重组单倍型,重组发生的位点均出现在Ⅰ、Ⅲ类区域,Ⅱ类区域未曾发现重组的位点。在家系群体内,在SLAⅠ类区域共得到10种单倍型,其中有3种单倍型为主单倍型：其频率高低依次为Hp1l.1>Hp1l.5=Hp11.7；在Ⅱ类区域共得到12种单倍型,其中有3种为主单倍型,其频率高低依次为Hp1O.1>Hp10.4>Hp10.7；最后通过对Ⅰ-Ⅱ类区域的8个微卫星进行分型共得到11种单倍型,其中有5种单倍型为重组单倍型。5.在蓝塘猪家系和藏猪红毛单系内的SLAMS034, SLAMS052两座位分别有3-5个重复片段不等的拷贝现象。