家畜基因组选择信号的比较研究

来源 :新疆农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:tongjm2009
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随着生物学的不断发展,生物遗传学结合计算机科学和统计学,利用先进的理论知识对生物数据进行研究和分析,了解生物学意义。选择信号检测是生物信息学的热门研究之一,也是现代群体遗传学研究中广泛使用的方法,对于理解物种在自然选择和人工选择的进化过程,具有促进作用。利用选择信号检测方法对家畜全基因组进行检测,了解基因型和表型性状之间的关系,并为家畜育种方面提供了理论依据。首先,本文描述了研究背景及意义,介绍了选择信号检测在国内外研究现状及成果,对相关概念进行了阐述,并且介绍了5种主要的选择信号检测方法:Fst检测、EHH检测、iHS检测、Xp-EHH检测和hapFLK检测。其次,本文详细的介绍了试验过程,包括试验材料、试验方法、数据的处理方法和数据的统计分析方法。以ovine SNP50 HapMap中4个肉用和4个毛用绵羊品种的数据为主要研究对象,然后利用Plink软件对数据进行质控处理,并按照样本个体数量和样本个体SNP数量的差异进行分组,选取Fst检测、Xp-EHH检测和hapFLK检测方法对整理好的数据进行检测。最后,本文对三种检测方法得到的数据结果进行比较分析,通过数据说明三种检测方法的差异和特性,并对检测结果进行相关生物学分析。结果说明三种检测方法中,在样本个体数量和样本个体SNP数量不同的检测条件下,Xp-EHH检测方法稳定性较好;Fst检测方法在样本个体SNP数量差异的条件下检测效果较好;hapFLK受两种检测条件的影响较大。然后选取检测结果中选择信号较强的部分进行基因注释,找到的大部分基因都有相关文献资料为依据。
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