近年来,食品安全事件在世界各地频频爆发,各国政府和消费者对食品安全给予了前所未有的关注。在中国,食品安全形势也相当严峻,在基本满足温饱之后,人们猛然发现,我们赖以生存的食品安全如此脆弱,各种食品安全问题防不胜防。作为食品供应链的主导者,核心企业一方面在外部监管体系的监督管理下,根据环境和制度的变化做出相应的策略选择,另一方面必须协调供应链内部的上下游成员进而做出最优协调策略来维持整个链条的健康持续发展。文章梳理了食品安全的相关理论以及食品安全供应链管理的现状,从核心企业的角度出发,运用演化博弈的方法研究非政府组织(Non-Government Organizations,以下简称NGOs)影响下核心企业与质量监管部门之间的关系,进而得到核心企业的演化稳定策略;然后在核心企业与外部监管体系博弈的基础上,运用Stackelberg博弈的方法研究在NGOs影响下食品供应链核心企业与供应链内部成员之间的协调机制;最后根据博弈的结果针对我国食品行业提出相应的建议。通过两种博弈方法可以得到结论:核心企业在生产优质食品的额外成本少,或者在当前我国NGOs披露水平低的前提下质量监管部门惩罚力度大时会选择生产优质食品;食品供应链中核心企业是供应商时选择合作决策,核心企业是零售商时选择分散决策时,食品提高的质量更多,供应链收益最大。