目前，尽管我国的高等教育在高校大合并、大兼并浪潮下取得了一定发展，但这种粗放式增长已达到“瓶颈”线，高等教育区域间高校间专业上、学科上、类型上存在的差异及整体水平上的参差不齐越来越严重，某些区域高等教育只追求规模结构壮大而忽视质量提升的“片面式”发展格局不仅损害着教育公平，浪费教育资源，还危害社会稳定。国务院2010年最新下发的《教育改革和规划纲要》中提出要积极探索省域教育协作改革试点，建立跨区域教育协作机制，鼓励高校联合、协作办学，力争克服各区域高等教育当前发展困境，同时追求区域高等教育齐发展、共发展的协同效果。因此，对我国区域高等教育在当前背景下的协同发展进行评价，分析区域高等教育协同发展水平变动及特点，进一步探索区域高教协同程度对综合水平的影响，具有推进我国高等教育区域协同发展的实践意义。本论文从系统论特别是协同学视角出发，分析了区域高等教育协同发展的内涵，运用2003—2011年时间序列数据评价我国区域高等教育规模与结构子系统、质量发展子系统、效益子系统这一复杂系统的协同发展现状，对其结果讨论得出：我国区域高等教育协同发展状态可分为三类，一类是中度协同发展群，二类是低度协同发展群，三类是低度不协同发展群；质量子系统的有序发展对我国区域高等教育系统的协同发展起到决定性作用，其中，关键是“高等教育发展稳定能力”、“对外开放程度”、“优质教师资源结构质量”这三项的协调有序，由此应该注重高等教育质量参量的全面及协调有序提升。然后，运用计量经济学线性回归分析方法研究高等教育协同发展程度对综合水平的影响，得出结果：协同群落里，我国区域高等教育的协同发展程度对综合水平存在显著正效应；不协同群落里，高等教育协同发展程度与综合水平呈或者较强负相关、或者不相关的复杂关系。最后，对本文研究结果进行分析得到：区域分工与合作能够促进高教质量参量的全面及协调有序提升，进而推进区域协同发展；转变政府的高等教育管理职能，能够改善高教综合水平的质；政府激励性与利益补偿性的财政政策深化区域合作关系推动区域协同发展，协同能够带动高教综合水平量的提高。分别从高校、政府两方面提出可行的政策建议。