随着我国市场经济体制的日益完善,各个市场主体之间的竞争变得越来越激烈。产业竞争力,特别是主导产业的竞争力成为决定一个国家或地区竞争实力的主要指标之一。医药产业是关系到所有社会成员身体健康和生命安全的重要经济部门,也是我国经济增长较快的行业,在国民经济中的作用日益凸显。近年来,云南省医药产业的发展取得了长足进步,2008年底,云南省共有医药工业企业176户,完成工业总产值96.31亿元,云南医药产品在全国市场的占有率也达到了1.2%,但是同西南五省市的四川、重庆、贵州、广西乃至全国其他医药产业大省相比,还有相当大的差距,在全球医药市场竞争激烈的大背景下面临更大的挑战和机遇。本文在回顾国内外产业竞争力和区域竞争力相关理论的基础上,结合比较优势理论和竞争优势理论,首先对我国及云南医药产业的现状进行简要描述和分析,然后根据比较优势和竞争优势二者的联系和区别,分别建立科学的符合实际的指标体系,运用主成份分析等统计方法,借助SPSS统计软件,分析云南省医药产业的比较优势和竞争优势,得到云南省医药产业的行业间和行业内竞争力。最终综合比较优势和竞争优势,并结合SWOT分析,提出提高云南省医药产业竞争力的建议。